• 「NBDC RDFポータル」の運用を開始しました。プレス発表
• 「データベースRDF化ガイドライン」の作成を進めています。
• ログインパスワードポリシーを強化することになりました。ログインユーザーの方は、お送りしたメールに従ってパスワードの確認、変更をお願いしています。ご協力お願い申し上げます。

ありません。

SPARQLthonおよびその他の予定

MotDB（←講習会、イベントの予定はこちらもご覧ください）

NBDC広報サイト（←講習会、イベントの予定はこちらもご覧ください）

TogoWiki（←講習会、イベントの予定はこちらもご覧ください）

実務レベルの技術交流

• オントロジー・フォーマットに関する意見交換や調整
• APIやオントロジーなど開発された要素技術の共有

研究課題間の連携を強化し、円滑で効率的なデータベース間の統合化を実現することを目指す。

• メーリングリスト
• 情報共有サイト（このwikiページです）
• ミーティングの開催
• イベントの開催
  • 想定されるデータベース利用者に対する普及、ヒアリング

統合化推進プログラム

省間連携（AIST, NIAS, NIBIOHN）

ライフサイエンス統合データベースセンター（DBCLS）

バイオサイエンスデータベースセンター（NBDC）

各グループのページを作成しました。メンバーの方は研究開発の内容を適宜記載、編集してください。

• 統合化推進プログラム
  • ヒト脳疾患画像データベース統合化研究
  • メタボローム・データベースの開発
  • ゲノム情報に基づく疾患・医薬品・環境物質データの統合
  • ゲノム・メタゲノム情報を基盤とした微生物DBの統合
  • ゲノム情報に基づく植物データベースの統合
  • ヒトゲノムバリエーションデータベースの開発
  • 生命と環境のフェノーム統合データベース
  • 蛋白質構造データバンクの国際的な構築と統合化
  • 糖鎖統合データベースと研究支援ツールの開発
  • 大規模ゲノム疫学研究の統合情報基盤の構築
  • 生命動態システム科学のデータベースの統合化

• 基盤技術開発プログラム
  • データベース統合に関わる基盤技術開発

1. 次世代シーケンサーデータの活用と解析
   • SRAs： Survey of Read Archives
   • Kusarinoko： Search SRA Entries with PubMed Article
2. NBDCでの取りくみ
   • カタログ
   • 横断検索
   • アーカイブ (準備中）

• purlは、Persistent Uniform Resource Identifier のことで、永続性を持ったURIという意味です。purlを採用することで、サーバーに移転などによるURIの喪失を防ぐことが期待されます。
• このたびNBDCでは、purl.jpサーバーを立ち上げ、まずは、NBDCが進めるライフサイエンスデータベース統合推進事業に該当するプロジェクトに対して、PURLサービスを提供することになりました。
• 今後は、広くバイオ分野のプロジェクトに、さらに他分野プロジェクトに対しても、purl.jpのサービスを提供していくことを検討しています。
• purl.jpについてはそのHelpファイルを、ライフサイエンス分野におけるpurlの取り組みについてはこちらを、purlなど永続識別子についてはこちらをご参照ください。
• purl.jp日本語マニュアル（2019年9月26日版）＊
• 登録情報の修正、削除などが可能になりました。
• データベースRDF化ガイドラインもご参照ください。

• 日本化学物質辞書（日化辞）はJSTが作成した有機化合物およびその混合物を収録対象としたデータベースです。日本語名、英語名、法規制番号、CAS登録番号、構造情報などを収録しています。
• 日化辞Web
  • 日本化学物質辞書（日化辞）の検索サービスです。インターネット上で無料一般公開します。事前登録は必要ありません。どなたでもご利用いただけます。名称検索、構造検索が可能です。
  • 現在の収録件数は、約310万件（2012.11現在）です。

• 日化辞については、化合物オントロジー検討会議（2011年11月11日開催）などで、その利活用について検討をしてきました。
• それを受けてこのたび、データベース研究開発者の皆様に、以下の点について日化辞の情報を利用できるように準備を進めています。

1. 各機関の化合物DBから日化辞への一方向リンク
2. 日化辞への新規化合物の登録（日化辞IDの付与）

• １．については、CAS登録番号などを含むリンクデータを各機関が作成し、そのデータをJSTに預けることで、CAS番号などをキーとして、JSTが日化辞IDを付与することを想定、検討しています。なお、双方向リンク（各機関←→日化辞）は、別の仕組みを使って実現することを検討しています。

• ２．については、以下のルールで登録することを検討しています。
  • 水素を除く構成原子数247以内かつ日本語1500byte以内であれば、「構造明確体」として登録。
  • それを超えると「構造不確定体」として名称のみ登録。
    • 構造不確定体の例
      • 例1、例2

• JSTの日本化学物質辞書（日化辞）のRDFデータがCC BYで公開される見込み
  • SPARQLthonにおける日化辞RDFデータの取り組み例（SPARQLthon22, BH14.14）
    • CHEMINFおよびSIOを使った化合物情報の標準化を進める。
    • 統合化推進プログラムの成果DBおよび生命科学系データベースアーカイブの化合物を日化辞をハブとして統合することを目指す。
    • 参考資料

技術のこと、その他何でも疑問、質問があれば記載してください。質問に対する回答、ご意見もお願いします。

Q.　ライフサイエンスのオントロジーに、どのようなものがあるか知りたいのですが、どのように調べればよいですか？

A.　OBO（The Open Biological and Biomedical Ontologies）、 BioPortal（The National Center for Biomedical Ontology）のサイトで、それぞれおよそ100, 300種類のオントロジーをブラウジング、検索することができます。

Q.　OBOのサイトに収録されているオントロジーの中身を見てみたいのですが、どうすればいいですか？

A.　各概念を見るだけなら、テキストエディタでOBO formatのファイルを開けば確認できます。各概念間の階層関係を見たいときは、OBOを使えば見られます。OBOはここからダウンロードできます。

プロジェクトの遂行に役立つ、あるいは参考になるウェブページがあれば皆さんで編集してください。

• オントロジー
• データフォーマット（PDB/RDFなど）
• ツール、webサービス（OntoFinder / OntoFactoryなど）
• 関連技術
• 国内外のプロジェクト（OKFJを追加）
• 学会・会議（国内版バイオハッカソンBH12.12を追加）
• SPARQL Endpoints

• 講習会資料（BioPortal講習会など）
• 論文（「Sagace: A web-based search engine for biomedical databases in Japan」、「WDDD: Worm Developmental Dynamics Database」を追加）
• 書籍
• ニュースアーカイブ
• その他（「情報管理」、「JSTNews」、連載記事「我が国のデータベース構築・統合戦略」を追加）

• 実務者連絡会　準備的会合議事録（2011年9月28日）
• 第一回実務者連絡会議事録（2011年10月5日）
• 実務者連絡会　オントロジーレベルの検討会議　議事録（2011年10月21日）
• 実務者連絡会　化合物オントロジー検討会議　議事録（2011年11月11日）
• 実務者連絡会　Purl設計方針検討会議　議論の内容（2012年5月30日）
  • 当日の打ち合わせ資料
• 第二回実務者連絡会議事録（2013年1月21日）
• 第三回実務者連絡会議事録（2013年10月5日）
  • 参考資料：NIHにおけるデータ共有の取り組み
• 国内版バイオハッカソン13.13（BH13.13）での実務者連絡会関連の活動報告（2014年1月27-31日）　
  • 国内版バイオハッカソン13.13（BH13.13）の「実務者連絡会から提案したテーマ」のページ

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