概要
2013年 (予定)
2012年
2011年
今後の予定
プロジェクト名 | 概要 | メンバー | データベースの分類 | その他 |
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BioDBCore | ライフサイエンス系DBの属性情報を記述するための世界標準となるminimum information checklistを策定するプロジェクト。 | MIBBI代表者、データベースに関する論文を収載している主要ジャーナルの編集者、各種モデル生物のデータベース構築者、APBioNetのメンバー、Bioinformatics Links Directoryのメンバー、ELIXIRの開発者、CASIMIRプロジェクトのDDF (Database Description Framework)リーダー等が共同でワーキンググループをもっている。Check ListはISBがBiosharingと協同で監修している。 | 未公開 | BioDBCoreについては下記に詳細あり |
NAR Database Summary Paper Category List | NARのDatabase issueを含むジャーナルの論文中で紹介されたデータベースのリスト。1000件以上収録済。簡単なsummaryがついている。 | Nucleic Acid Researchの編集者。BioDBCoreに参加している。 | 独自のカテゴリ体系を利用している。NARのDatabase issueの論文の分類としてバイオインフォマティクス領域では知られているカテゴリではある。現象や生物種などいくつかの観点が混同した作りになっている。 | DB issue2012からDBメタデータの提出をサプリメントデータとして著者に依頼しBioDBCoreに提供することになっているが、今後のBioDBCoreと本リストの棲み分けの方針については不明 |
Bioinformatics.ca links directory | バイオインフォマティクスの専門家が推奨するリソースを掲載している。2003年よりNARのWebserver issueに掲載している全リソースの収録開始。CC-BY-SA | Canadian Bioinformatics Workshopsによる。NARとコラボレーション。一般からの推奨リソース情報の登録をフォームで受けつけているが必ず内部のスタッフが登録すべきか否かレビューを行う。 | 独自のカテゴリ体系を利用している。プログラミング言語別などツール、ウェブサーバーを対象としたカテゴリを多く含む。 | なし |
MIRIAM | EBIにおけるBioDBCoreの先駆け的なプロジェクト?? MIBBIに登録されている。computational modelを表現するための標準的なURIの設計を主な目的としていた模様。 | EBI | pathway, proteinなど独自のタグを仕様。カテゴリタブの中に掲載、タグクラウドページもあり | なし |
Biositemaps | 生命科学系のオンラインリソース情報の概要を記載するためのBiositemap.rdfファイルの記載仕様を提供している。リソースの所在情報の提供を行うことで、異なるデータベースから由来するデータを組み合わせた解析を促進することを目的とする。 Resource Discovery Systemを公開。1570リソース情報を提供中 (2012/2)。 | the NIH Roadmap National Centers of Biomedical Computing (NCBC)が提唱。またオントロジーとして利用しているBROはOBO (Biosharingのメンバー)が提供。 | resource_type, area of research, activityについてはBROを利用して記述。メタデータ項目のAdditional Informationのセクションには別途、keywordsの項目がある (例:Progenesis,SameSpot,PG220,DeCyder,MALDI,PVDF,isoelectric,typhoon) | カテゴリの一覧ページがあり、選択してレコードを絞り込めるのが良い。BioDBCoreとの今後の関係は? |
DRCAT (the data resource catalogue) | EMBOSSのデータ統合のために開発された。http://drcat.sourceforge.net/drcatindex.htmlのブラウザから閲覧できる。sourceforgeにα版のダウンロードファイルもあり。655エントリー | EBI | •「EDAM Topics」項目ではEDAMのtopic以下のオントロジーを用いている。•「Category」項目ではUniProtが外部データベースのクロスレファレンスを掲載する際に利用しているカテゴリ名を用いている 。具体的にはUniProtのクロスレファレンスリスト (http://www.uniprot.org/docs/dbxrefの「Cat」の語彙 (Family and domain databases, Sequence databasesなど)を利用しているので参照のこと。 | なし |
CASIMIR Database Description Framework (DDF) | データベースのメタデータよりはアーカイブのデータのメタデータに近い。アカウントを取得して自由にレコードを作成可能。CASIMIRプロジェクトはマウスの機能ジェノミクスのためのデータ統合を目指している活動であるため、マウスに特化している様子がある。現在は頻繁に更新していない? | CASIMIRプロジェクト (UK)。the European Commission within its FP6 Programme, under the thematic area “Life sciences, genomics and biotechnology for health,” のファンディングを受けている | データベースの分類、キーワードはなし。 | なし |
NIF Registry | NIF (Neuroscience information framework)のキュレーターがセレクトしたリソースを収録。データベース、ソフトウェア、脳のアトラス、グラントのサイト、バイオリソースのバンクなど多様なリソースを含む。 | Biosharingのメンバー | 調査中 | 調査中 |
Pathguide (the pathway resource list) | パスウェイに関連するリソースのリンク集。325エントリー。分かりやすいインターフェイス。 | 調査中 | パスウェイの標準であるBioPAX, CeIIMLなどの仕様の有無についての項目、パスウェイ別カテゴリ、“Types of Data“などがある。 | なし |
BioCatalogue | ウェブサービスのカタログ。2274のサービスを収録。登録制。 | BBSRC (EBIなどの組織が参加)というプロジェクトが提供 | SOAP,RESTなどウェブサービスに特化したカテゴリ | 調査中 |
BioMed Central Databases | 1100以上のDBを収録。BioMed Centralのジャーナルで論文発表を行ったデータベースに限ってはいないようだ?ユーザーからの新規のデータベース情報も受けつけている。簡単なDescriptionの項目があり。この活動とは別にBioMed Centralに論文を投稿する著者のデータベース作成の支援も行っている。リンク切れがあり、ステータス状況が分からない。 | BioMed Central | SubjectとContentsの2つのカテゴリを組み合わせて検索ができる。SubjectはBioMed Centralのジャーナル分類に用いられているカテゴリ | BioMedはBiosharingのメンバーだが、BioDBCoreとの関係はどうなっているのか? |
理研データベースレジストリ | 理研を含む世界中の公共DBが収録されたカタログ。現在125件。 | 理研 | NARデータベースカテゴリを翻訳して利用 | なし |
NBRPのリソースリスト | 国内外の遺伝資源提供サイトをリストアップしている | NBRP情報センター | 動物、植物、微生物ごとに個々の生物種名をカテゴリとしてまとめている | なし |
OReFiL | PubMedのアブストラクトとBioMed Centralのフルテキストを対象に、論文中に記述されているオンラインリソース (データベースやツールなど)のURL情報を自動的に取得し、各オンラインリソースURLとPubMedへのリンクを併せて提供するサービス | ライフサイエンス統合データベースセンター | オンラインリソースについて記述した論文のPubMedアブストラクトに付与されたMeSH用語を利用して分類することが可能 | なし |