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カタログ_横断検索_アーカイブの運用と開発

カタログ、横断検索、アーカイブの運用と開発

カタログ (Integbioデータベースカタログ)

概要

  • 生命科学系データベースの所在情報と、データベースについての説明やさまざまな属性(メタデータ)をまとめたリスト(データベースカタログ)を作成しています。
  • 国内の研究資金により作成された生命科学系データベース及び国外の主要な生命科学系データベースを対象にDB情報を収録しています。*詳細は収録方針を参考
  • 国内のデータベースについては各省で情報収集を進め、4省のデータベース情報を網羅していきます。
  • 本カタログの利用許諾はクリエイティブ・コモンズCC0ライセンスで提供しています。

収録方針と収録状況

進捗

  • 未収録データベース調査とメタデータ作成
    • 各省よりデータベース情報の受領 【2011/9】
    • NAR DB issue 2011の調査とメタデータ作成 【2012/1~】
    • 統合化推進「ゲノム情報に基づく植物データベースの統合」より受領した植物関連データベースリストのうち国内DBを対象にメタデータ作成【2012/1~】

今後の予定

  • β版への新規メタデータ項目の追加:「論文」、「上位データベース」、データベースの分類
  • 本格公開用サイトの作成と公開(6月〜7月の公開予定)
  • 本格公開用サイトの公開に伴い、既存のカタログサイトの運用終了(生命科学系データベースカタログとWINGproの10月での運用終了を予定)
  • 英語サイトの作成

類似のプロジェクト、サイト

  • データベースの分類方法を中心に既存のプロジェクトを調査 (2012/2/15)
プロジェクト名概要メンバーデータベースの分類その他
BioDBCore ライフサイエンス系DBの属性情報を記述するための世界標準となるminimum information checklistを策定するプロジェクト。MIBBI代表者、データベースに関する論文を収載している主要ジャーナルの編集者、各種モデル生物のデータベース構築者、APBioNetのメンバー、Bioinformatics Links Directoryのメンバー、ELIXIRの開発者、CASIMIRプロジェクトのDDF (Database Description Framework)リーダー等が共同でワーキンググループをもっている。Check ListはISBBiosharingと協同で監修している。2012/2現在では未公開。BioDBCoreについては下記に詳細あり
Biositemaps 生命科学系のオンラインリソース情報の概要を記載するためのBiositemap.rdfファイルの記載仕様を提供している。リソースの所在情報の提供を行うことで、異なるデータベースから由来するデータを組み合わせた解析を促進することを目的とする。 Resource Discovery Systemを公開。1570リソース情報を提供中 (2012/2)。the NIH Roadmap National Centers of Biomedical Computing (NCBC)が提唱。またオントロジーとして利用しているBROはOBO (Biosharingのメンバー)が提供。resource_type, area of research, activityについてはBROを利用して記述。メタデータ項目のAdditional Informationのセクションには別途、keywordsの項目がある (例:Progenesis,SameSpot,PG220,DeCyder,MALDI,PVDF,isoelectric,typhoon)カテゴリの一覧ページがあり、選択してレコードを絞り込めるのが良い。BioDBCoreとの関係は?
DRCAT (the data resource catalogue)EMBOSSのデータ統合のために開発された。DRCATエントリーはEDAMのオンロジーを用いてアノテーションされている。655エントリーEBIEDAM topic。調査中
NAR Database Summary Papter Category ListNARのDatabase issueの論文のリストNucleic Acid Research編集者、BioDBCoreに参加独自のカテゴリを利用。NARのDatabase issueの論文の分類に利用しており、よく知られているカテゴリではあるが、いくつかの観点が混同している。BioDBCoreに参加し2012年のDB issueからDBのメタデータ記入をサプリメントデータの提出として著者に依頼している。このリスト提供を同時に継続するかは特に言及なし
CASIMIR Database Description Framework (DDF)データベースのメタデータよりはアーカイブのデータのメタデータに近い。アカウントを取得して自由にレコードを作成可能。CASIMIRプロジェクトはマウスの機能ジェノミクスのためのデータ統合を目指している活動であるため、マウスに特化している様子がある。現在は頻繁に更新していない?CASIMIRプロジェクト (UK)。the European Commission within its FP6 Programme, under the thematic area “Life sciences, genomics and biotechnology for health,” のファンディングを受けているデータベースの分類、キーワードはなし。なし
MIRIAMEBIにおけるBioDBCoreの先駆け的なプロジェクト?? ミニマムなアノテーションモデルの標準化を目指している。BiosharingのメンバーのMIBBI公認のプロジェクト。pathwy, proteinなど独自のタグを仕様。カテゴリタブの中に掲載、タグクラウドページもありなし
NIF Registry NIF (Neuroscience information framework)のキュレーターがセレクトしたリソースを収録。データベース、ソフトウェア、脳のアトラス、グラントのサイト、バイオリソースのバンクなど多様なリソースを含む。Biosharingのメンバー調査中調査中
Pathguide (the pathway resource list)パスウェイに関連するリソースのリンク集。325エントリー。分かりやすいインターフェイス。調査中パスウェイの標準であるBioPAX, CeIIMLなどの仕様の有無についての項目、パスウェイ別カテゴリ、“Types of Data“などがある。なし
Bioinformatics.ca links directory バイオインフォマティクスの専門家が推奨するリソースを掲載している。2003年よりNARのWebserver issueに掲載している全リソースの収録開始。NARとコラボレーション独自のカテゴリ体系。ツール、ウェブサーバーを対象としたカテゴリ体系で、データベースカタログとは趣旨が若干異なるか。 なし
BioCatalogue ウェブサービスのカタログ。2274のサービスを収録。登録制。BBSRC (EBIなどの組織が参加)というプロジェクトが提供 SOAP,RESTなどウェブサービスに特化したカテゴリ 調査中
BioMed Central Databases調査中調査中調査中なし
理研データベースレジストリ理研を含む世界中の公共DBが収録されたカタログ。現在125件。理研NARデータベースカテゴリを翻訳して利用なし
NBRPのリスト調査中調査中調査中なし
OReFiL調査中調査中調査中なし
  • BioDBCoreについて
    • 2011年のNAR DBissueに活動の紹介、17 Core attributesを提唱した論文を発表。RDFでのデータ共有を議論している。
    • 2011年8月 BH11にてワーキンググループ レポートSusanna Sansoneさん、Philippe Rocca-Serraさんを招待してBioDBCoreに準拠したRDFデータのプロト作成
    • 2012年にサイト公開。NAR DB issue2012の論文によると、NAR DB issue 2012の投稿論文著者は公開したDBの属性情報についてBioDBCoreの定めるガイドラインに従って記述し、サプリメントデータとして提出することを求められている。現在サイト上で公開されているattributesは2011年に紹介された17 attributesとは異なる


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カタログ_横断検索_アーカイブの運用と開発.txt · 最終更新: 2012/02/19 17:08 +0900 by bando