• 黒川　顕　先生　（東京工業大学 大学院生命理工学研究科 教授）

• 中村　保一　先生　（国立遺伝学研究所　生命情報・ＤＤＢＪ研究センター　教授）
• 内山　郁夫　先生　（基礎生物学研究所　ゲノム情報研究室・情報管理解析室　助教）

多様性を特徴とする微生物の様々な知識を、ゲノム情報を核として統合し、幅広い分野での微生物学の発展に資することのできる「微生物エンサイクロペディア」の構築を目標とする。国内外に散在する細菌の各種オミックス情報を広く収集し、遺伝子、ゲノム、環境の３つの軸に沿って遺伝子機能、分類学的情報、菌株保存情報、表現型情報などの知識を整理し、ゲノム情報を核として統合することを目指す。

• ゲノム関連

　　　　GO、Sequence Ontologyなど

• メタゲノム関連

　　　　Environment Ontology (EnvO)

• メタゲノムのメタデータについてのオントロジー

　メタゲノムのメタデータは微生物群集が生息する環境を記述したものであり、本DBにおける3つの軸の一つ、環境についての情報を担っているため非常に重要となります。しかしながら、メタゲノム解析のメタデータについては、MIMSやMIMARKSなどのガイドラインは一応存在しますが、あくまでMinimum Informationであるため、各研究者がそれぞれ重要と考えたメタデータを比較的自由に公共データベースに登録しているのが現状であり、既存のEnvOなどのオントロジーではそのほとんどをカバー出来ておりません。

• RDF、RDFDBとRDBとの連携、オントロジー、自然言語処理

メタゲノム関連

• Genomic Standards Consortium (GSC) http://gensc.org/gc_wiki/index.php/Main_Page
• Minimum Information about a (Meta)Genome Sequence (MIGS & MIMS) http://gensc.org/gc_wiki/index.php/MIGS/MIMS
• Minimum Information about a MARKer gene Sequence (MIMARKS) http://gensc.org/gc_wiki/index.php/MIMARKS
• Human Microbiome Project (HMP) http://www.hmpdacc.org/
• Earth Microbiome Project (EMP) http://www.earthmicrobiome.org/

未だスタンダードと言えるものは存在しませんが、以下の2つはメタゲノム解析の分野では比較的主流です。

• Genomes OnLine Database (GOLD) http://genomesonline.org/cgi-bin/GOLD/bin/gold.cgi
• MG-RAST http://metagenomics.anl.gov/