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ゲノム・メタゲノム情報を基盤とした微生物dbの統合

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ゲノム・メタゲノム情報を基盤とした微生物dbの統合 [2011/12/27 09:54 +0900] (現在)
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 +====== ゲノム・メタゲノム情報を基盤とした微生物DBの統合 ======
 +===== 研究代表者 =====
 +  * 黒川 顕 先生 (東京工業大学 大学院生命理工学研究科 教授)
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 +===== 共同研究代表者 =====
 +  * 中村 保一 先生 (国立遺伝学研究所 生命情報・DDBJ研究センター 教授)
 +  * 内山 郁夫 先生 (基礎生物学研究所 ゲノム情報研究室・情報管理解析室 助教)
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 +===== 概要 =====
 +多様性を特徴とする微生物の様々な知識を、ゲノム情報を核として統合し、幅広い分野での微生物学の発展に資することのできる「微生物エンサイクロペディア」の構築を目標とする。国内外に散在する細菌の各種オミックス情報を広く収集し、遺伝子、ゲノム、環境の3つの軸に沿って遺伝子機能、分類学的情報、菌株保存情報、表現型情報などの知識を整理し、ゲノム情報を核として統合することを目指す。 ​
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 +===== 担当者編集項目 =====
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 +==== オントロジーおよびデータフォーマットの活用(実績、予定) ====
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 +=== ・このプログラムで活用している(する予定の)既存のオントロジーやデータフォーマット形式 ===
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 +  * ゲノム関連
 +    GO、Sequence Ontologyなど
 +  * メタゲノム関連
 +    Environment Ontology (EnvO)
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 +=== ・このプログラムで開発する(あるいは予定の)新規のオントロジーやデータフォーマット形式 ===
 +
 +  * メタゲノムのメタデータについてのオントロジー
 + メタゲノムのメタデータは微生物群集が生息する環境を記述したものであり、本DBにおける3つの軸の一つ、環境についての情報を担っているため非常に重要となります。しかしながら、メタゲノム解析のメタデータについては、MIMSやMIMARKSなどのガイドラインは一応存在しますが、あくまでMinimum Informationであるため、各研究者がそれぞれ重要と考えたメタデータを比較的自由に公共データベースに登録しているのが現状であり、既存のEnvOなどのオントロジーではそのほとんどをカバー出来ておりません。
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 +==== 注目技術 ====
 +=== ・データベースの統合化、高度な検索機能を実現するために活用している(する予定)、あるいは注目している技術 ===
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 +  * RDF、RDFDBとRDBとの連携、オントロジー、自然言語処理
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 +==== 国際標準化に関する情報 ====
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 +=== ・各分野で行われてる国際的なプロジェクトがある場合、そのプロジェクト名、URL ===
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 +メタゲノム関連
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 +  * Genomic Standards Consortium (GSC) [[http://​gensc.org/​gc_wiki/​index.php/​Main_Page]]
 +  * Minimum Information about a (Meta)Genome Sequence (MIGS & MIMS) [[http://​gensc.org/​gc_wiki/​index.php/​MIGS/​MIMS]]
 +  * Minimum Information about a MARKer gene Sequence (MIMARKS) [[http://​gensc.org/​gc_wiki/​index.php/​MIMARKS]]
 +  * Human Microbiome Project (HMP) [[http://​www.hmpdacc.org/​]]
 +  * Earth Microbiome Project (EMP) [[http://​www.earthmicrobiome.org/​]]
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 +=== ・各分野で、デファクトスタンダードとなっているデータベースや、オーソリティーが提供するデータベース ===
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 +
 +未だスタンダードと言えるものは存在しませんが、以下の2つはメタゲノム解析の分野では比較的主流です。
 +  * Genomes OnLine Database (GOLD) [[http://​genomesonline.org/​cgi-bin/​GOLD/​bin/​gold.cgi]]
 +  * MG-RAST [[http://​metagenomics.anl.gov/​]]
 +
  
ゲノム・メタゲノム情報を基盤とした微生物dbの統合.txt · 最終更新: 2011/12/27 09:54 +0900 (外部編集)