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ゲノム情報に基づく植物データベースの統合

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ゲノム情報に基づく植物データベースの統合 [2011/12/27 13:33 +0900] (現在)
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 +====== ゲノム情報に基づく植物データベースの統合 ======
 +===== 研究代表者 =====
 +  * 田畑 哲之 先生 (かずさディー・エヌ・エー研究所 副所長)
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 +===== 共同研究代表者 =====
 +  * 中谷 明弘 先生 (新潟大学 研究推進機構超域学術院 准教授)
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 +===== 概要 =====
 +本課題では、(1)遺伝子オルソログDBの構築とそれに基づく植物ゲノムDBの統合、(2)DNAマーカーおよび連鎖地図情報に基づく植物ゲノムDBの統合、(3)植物リソース情報DBの統合、(4)植物研究に関連する情報基盤の構築、の4項目の研究開発を行うことにより、国内に散在する植物関連データベースの統合と関連情報の収集とデータベース化、さらにコミュニティーに対する情報提供基盤を構築する。 ​
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 +===== 担当者編集項目 =====
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 +==== オントロジーおよびデータフォーマットの活用(実績、予定、検討中) ====
 +  * 解剖学的部位、形態、ステージ:[[http://​www.plantontology.org/​|Plant Ontology (PO)]]
 +  * 表現型、植物生理生態:[[http://​www.gramene.org/​plant_ontology/​|Plant Trait Ontology (TO)]], [[http://​www.geneontology.org/​|Biological process (GO)]], [[http://​www.geneontology.org/​|Molecular function (GO)]], [[http://​obofoundry.org/​wiki/​index.php/​PATO:​Main_Page|Phenotypic quality (PATO)]]
 +  * 実験手法、フォーマット:[[http://​obi-ontology.org/​page/​Main_Page|Ontology for Biomedical Investigations (OBI)]], [[http://​edamontology.sourceforge.net/​|EMBRACE Data and Methods (EDAM)]]
 +  * 化合物:[[http://​www.ebi.ac.uk/​chebi/​|Chemical entities of biological interest (ChEBI)]]
 +  * 環境:[[http://​environmentontology.org/​|Environment Ontology (ENVO)]], [[http://​www.gramene.org/​plant_ontology/​index.html|Plant Environmental Conditions (EO)]]
 +  * その他:[[http://​www.geneontology.org/​|Cellular component (GO)]]
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ゲノム情報に基づく植物データベースの統合.txt · 最終更新: 2011/12/27 13:33 +0900 (外部編集)