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ヒト脳疾患画像データベース統合化研究

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ヒト脳疾患画像データベース統合化研究 [2011/12/26 19:57 +0900] (現在)
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 +====== ヒト脳疾患画像データベース統合化研究 ======
 +===== 研究代表者 =====
 +  * 岩坪 威 先生 (東京大学 大学院医学系研究科 教授)
 +
 +===== 共同研究代表者 =====
 +  * 笠井 清登 先生 (東京大学 医学部附属病院 教授)
 +  * 槇野 正 先生 (バイオテクノロジー開発技術研究組合 技術部 部長)
 +  * 大久保 善朗 先生 (日本医科大学 大学院 精神行動医学分野 教授)
 +  * 鈴木 道雄 先生 (富山大学 大学院医学薬学研究部(医学) 神経精神医学講座 教授)
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 +===== 概要 =====
 +世界に冠たる統合データベースの構築を企図して、大規模集中型の統合ではなく「フェデレーション(連携)型」のデータベース統合を行う。そのためにRDFを中心とする技術を用いてDDBJやPDBjなど国内の拠点データベース、統合化推進プログラムの分野別データベースなどを分散的に結ぶ新たな統合のシステムを検討し、ライフサイエンス分野の将来のあるべきインフラストラクチャー構築を目指す。さらに大規模データに対応する基盤技術を開発する。
 +
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 +----
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 +===== 担当者編集項目 =====
 +
 +==== オントロジーおよびデータフォーマットの活用(実績、予定) ====
 +
 +=== ・このプログラムで活用している(する予定の)既存のオントロジーやデータフォーマット形式 ===
 +
 +  * 画像フォーマット:
 +    *  [[http://​medical.nema.org/​|DICOM(MRI装置から出力される生データ)]]
 +    * [[http://​nifti.nimh.nih.gov/​nifti-1|NIfTI(生データをフォーマット変換して、その後の解析で利用しているフォーマット)]] ​
 +  * データフォーマット
 +    * J-ADNIグループ:
 +      * ADASやMMSEなどの既存の認知症検査のデータ。
 +    * 包括脳グループ:
 +      * 統合失調症・気分障害など各精神疾患の臨床評価尺度データ。
 +  * オントロジー:​
 +    * 脳の部位名(解剖用語)は40部位。病名は検討中。
 +  ​
 +=== ・このプログラムで開発する(あるいは予定の)新規のオントロジーやデータフォーマット形式 ===
 +
 +  * 画像に関するアノテーション、すなわち、被験者の情報(知能検査、カルテ、血液検査など)は多岐にわたるので開発が必要かもしれない。
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 +==== 注目技術 ====
 +=== ・データベースの統合化、高度な検索機能を実現するために活用している(する予定)、あるいは注目している技術 ===
 +
 +  * [[http://​xnat.org/​|XNAT]]:​脳画像とそのメタデータを管理するためのフリーのパッケージソフト。
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 +==== 国際標準化に関する情報 ====
 +
 +=== ・各分野で行われてる国際的なプロジェクトがある場合、そのプロジェクト名、URL ===
 +  * J-ADNIグループ:
 +    * [[http://​adni.loni.ucla.edu/​|Alzheimer'​s Disease NeuroImaging Initiative(ADNI)プロジェクト]]
 +  * 多施設連携型MRI研究コンソーシアム:
 +    * [[http://​www.birncommunity.org/​|Biomedical Informatics Research Network (BIRN)]]
 +  * 脳神経科学のインフォマティックスの学会
 +    * [[http://​www.incf.org/​|International Neuroinformatics Coordinating Facility (INCF)]]
 +      * [[http://​www.incf.org/​programs/​pons|Program on Ontologies of Neural Structures (PONS) 脳神経の構造(解剖)オントロジー構築TF]]
 +
 +=== ・各分野で、デファクトスタンダードとなっているデータベースや、オーソリティーが提供するデータベース ===
 +
 +  *  [[https://​ida.loni.ucla.edu/​login.jsp|LONI Image Data Archive (IDA)]]: ADNIデータのアーカイブ
 +  *  [[http://​www.oasis-brains.org/​|The Open Access Series of Imaging Studies (OASIS)]]:既出のXNATを用いたオープンアクセスの脳画像データベース(デファクトかどうかは不明)
  
ヒト脳疾患画像データベース統合化研究.txt · 最終更新: 2011/12/26 19:57 +0900 (外部編集)