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実務者連絡会_準備的会合議事録_2011年9月28日

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実務者連絡会_準備的会合議事録_2011年9月28日 [2011/09/29 19:44 +0900] (現在)
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 +====== 実務者連絡会 準備的会合 ======
 +  * 日時:2011年9月28日(水)15:​00~17:​30
 +  * 場所:JSTサイエンスプラザ 1階会議室
 +  * 参加者:10名
 +
 +^ 研究開発プログラム ​    ^ 氏 名 ​     ^ 所 属 ​        ^
 +|[[ゲノム・メタゲノム情報を基盤とした微生物DBの統合]] ​ |藤澤貴智 ​ |遺伝研  |
 +|[[生命と環境のフェノーム統合データベース]] ​ |桝屋啓志 ​ |理研  |
 +|[[糖鎖統合データベースと研究支援ツールの開発]] ​ |鹿内俊秀 ​ |産総研  |
 +|:::  |山田一作 ​ |野口研究所  |
 +|:::  |加藤雅樹 ​ |理研  |
 +|[[データベース統合に関わる基盤技術開発]] ​ |山口敦子 ​ |DBCLS  |
 +|:::  |金 進東 ​ |:::  |
 +|:::  |河野 信 ​ |:::  |
 +|  |畠中秀樹 ​ |NBDC  |
 +|:::  |櫛田達矢 ​ |:::  |
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 +
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 +  * 議題
 +    * 議題1: 実務者連絡会の状況報告
 +    * 議題2: 実務者連絡会で取り上げる内容の検討
 +    * 議題3: 実務者連絡会の活動方針の確認
 +
 +  * 概要
 +    * 議題1:
 +      * 11課題から合計33名の実務者連絡会の担当者が決まった(2011年9月28日現在)
 +      * [[start|情報共有サイト]](wg.biosciencedbc.jp)が立ち上がった
 +    * 議題2:
 +      * 第1回実務者連絡会(2011年10月5日開催予定)では、(1)担当者紹介、(2)情報共有サイトの紹介を行うほか、(3)各課題グループに対して、情報共有サイトの各課題グループのページを使って、開発中および予定のオントロジーについて、情報提供を要請することになった。
 +      * その後、上記によって収集されたオントロジーを調査し、各領域で活用できそうなオントロジーをリストアップする。
 +      * リストアップされたオントロジー、あるいはその一部、また改変、追加したものを各課題で再利用することを検討する。
 +      * 上記の作業では、[[http://​bioportal.bioontology.org/​|BioPortal]]で提供されるツールの活用が有望である。
 +    * 議題3:
 +      * オントロジー、データファーマットおよび関連する技術に関する情報共有は、[[start|情報共有サイト]]を中心に行う。
 +      * 担当者全員が集まる会合(例、第1回実務者連絡会)は、年2,3回を予定する。
 +      * 各課題グループから議論したいテーマ(例、RDF、次世代シーケンサ)が提案された場合、それについて関心があるものが参加する会合、勉強会を開催することとする。そのときNBDCがコーディネイトを行う。
 +      * 上記の会合とは別に、各課題の進捗報告会についても、必要に応じて適宜開催することとする。
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 +  * 話題提供
 +    * DBCLSの金さんから、データベースをRDF化する背景とモチベーションについて解説があり、そのためのオントロジーの活用、[[http://​bioportal.bioontology.org/​|BioPortal]]を利用するメリットが紹介された。現在、[[http://​bioportal.bioontology.org/​|BioPortal]]の活用方法の検討を行っていることが報告された。
 +    * 理研の桝屋さんから、理研でのセマンティックウェブ、オントロジーの活用事例が紹介された。
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 +  * 議論での発言や質問
 +    * 既存のオントロジーを再利用する際、[[http://​bioportal.bioontology.org/​|BioPortal]]に登録されているオントロジーはクオリティーコントロールがされていないため、注意が必要。
 +    * [[http://​bioportal.bioontology.org/​|BioPortal]]を利用するメリットは、オントロジーの再利用が可能になる点である。
 +    * どの程度までのオントロジーを開発する必要があるか?
 +    * データベースで取り扱う概念のうち、詳細なインスタンスまで統合する必要があるか?
 +    * 独自のオントロジーを開発、利用する場合、その一方で、国際標準のオントロジーについても十分に考慮する必要がある。
 +    * 糖鎖に関しては、使えるオントロジーはほとんど存在しない。一部の既存のオントロジーの部分的な再利用、[[http://​www.ebi.ac.uk/​chebi/​|ChEBI]]の糖鎖以下のオントロジーを追加開発することを検討している。
 +    * 専門外の領域で、スタンダードとなっているオントロジーやデータベースがよくわからない。情報がほしい。
 +    * 微生物DBでは、動物や植物との共生など複雑な関係を統合化する必要がある。
 +    * URL(ドメイン)を今後どうするか?
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実務者連絡会_準備的会合議事録_2011年9月28日.txt · 最終更新: 2011/09/29 19:44 +0900 (外部編集)