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次世代シーケンサーデータの活用と解析

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次世代シーケンサーデータの活用と解析 [2012/01/30 17:21 +0900]
kushidat 作成
次世代シーケンサーデータの活用と解析 [2012/01/30 17:45 +0900] (現在)
kushidat
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   * **概  要**   * **概  要**
-    * 公共データベース (SRA, ENA, DRA)に登録された「次世代シーケンサーデータ」の目次サイトです。 +    * 公共データベース ([[http://​www.ncbi.nlm.nih.gov/​sra|SRA]][[http://​www.ebi.ac.uk/​ena/​|ENA]][[http://​trace.ddbj.nig.ac.jp/​dra/​index.shtml|DRA]])に登録された「次世代シーケンサーデータ」の目次サイトです。 
-    * オリジナルの公共データベース(SRA,​ ENA, DRA)では実現できていない、以下の検索機能を持っています。+    * オリジナルの公共データベース([[http://​www.ncbi.nlm.nih.gov/​sra|SRA]][[http://​www.ebi.ac.uk/​ena/​|ENA]][[http://​trace.ddbj.nig.ac.jp/​dra/​index.shtml|DRA]])では実現できていない、以下の検索機能を持っています。
       * 登録された「次世代シーケンサーデータ」を、プロジェクトやプラットフォーム、生物種ごとに見ることができます。       * 登録された「次世代シーケンサーデータ」を、プロジェクトやプラットフォーム、生物種ごとに見ることができます。
       * 論文として公開され、信頼性が確保された「次世代シーケンサーデータ」を検索することが可能です。       * 論文として公開され、信頼性が確保された「次世代シーケンサーデータ」を検索することが可能です。
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   * **今後の予定**   * **今後の予定**
-    * 将来、SRAなどに登録されているデータと、自分の実験データを組み合わせて情報解析が可能になる予定です。+    * 将来、[[http://​www.ncbi.nlm.nih.gov/​sra|SRA]]などに登録されているデータと、自分の実験データを組み合わせて情報解析が可能になる予定です。
     * 「次世代シーケンサーデータ」に関連付けられた疾患情報は、現在のところ論文から抽出された[[http://​www.ncbi.nlm.nih.gov/​mesh|MeSH]]に由来します。[[http://​www.ncbi.nlm.nih.gov/​mesh|MeSH]]は、疾患以外の生物学的概念を幅広く網羅しているため、各種化合物や解剖学的部位との関係が示唆される 「次世代シーケンサーデータ」を検索できることが期待されます。     * 「次世代シーケンサーデータ」に関連付けられた疾患情報は、現在のところ論文から抽出された[[http://​www.ncbi.nlm.nih.gov/​mesh|MeSH]]に由来します。[[http://​www.ncbi.nlm.nih.gov/​mesh|MeSH]]は、疾患以外の生物学的概念を幅広く網羅しているため、各種化合物や解剖学的部位との関係が示唆される 「次世代シーケンサーデータ」を検索できることが期待されます。
  
   *  **関連研究・開発**   *  **関連研究・開発**
-    * 仲里さんは、SRAs以外にも、**[[http://​gendoo.dbcls.jp/​|Gendoo (Gene, Disease Features Ontology-based Overview System)]]**というシステムを開発、提供しています。 **[[http://​gendoo.dbcls.jp/​|Gendoo]]**は、関心のある遺伝子(遺伝子セット)や疾患を検索キーワードとして、[[http://​www.ncbi.nlm.nih.gov/​mesh|MeSH]]を利用して遺伝子、疾患、化合物、生命現象間の関係を統計量とともに提供するシステムで、DNAマイクロアレイを用いた遺伝子発現解析において、発現変動遺伝子群の機能解析などに利用されます。今後、SRAsと**[[http://​gendoo.dbcls.jp/​|Gendoo]]**を組み合わせて、次世代シーケンサーデータの解析に活用することも計画されているようです。+    * 仲里さんは、**[[http://​sra.dbcls.jp/​|SRAs]]**以外にも、**[[http://​gendoo.dbcls.jp/​|Gendoo (Gene, Disease Features Ontology-based Overview System)]]**というシステムを開発、提供しています。 **[[http://​gendoo.dbcls.jp/​|Gendoo]]**は、関心のある遺伝子(遺伝子セット)や疾患を検索キーワードとして、[[http://​www.ncbi.nlm.nih.gov/​mesh|MeSH]]を利用して遺伝子、疾患、化合物、生命現象間の関係を統計量とともに提供するシステムで、DNAマイクロアレイを用いた遺伝子発現解析において、発現変動遺伝子群の機能解析などに利用されます。今後、**[[http://​sra.dbcls.jp/​|SRAs]]**と**[[http://​gendoo.dbcls.jp/​|Gendoo]]**を組み合わせて、次世代シーケンサーデータの解析に活用することも計画されているようです。
  
   * **参考文献・資料**   * **参考文献・資料**
     * __Nakazato, T__., Takinaka, T., Mizuguchi, H., Matsuda, H., Bono, H., and Asogawa, M., BioCompass: A novel functional inference tool that utilizes MeSH hierarchy to analyze groups of genes, //In Silico Biology//, **8**(1): 53-61, 2008.     * __Nakazato, T__., Takinaka, T., Mizuguchi, H., Matsuda, H., Bono, H., and Asogawa, M., BioCompass: A novel functional inference tool that utilizes MeSH hierarchy to analyze groups of genes, //In Silico Biology//, **8**(1): 53-61, 2008.
     * __Nakazato, T__., Bono, H., Matsuda, H., and Takagi, T., Gendoo: Functional profiling of gene and disease features using MeSH vocabulary, //Nucleic Acids Research//, **37**(Suppl. 2) (Web Server Issue):​W166-W169 2009.     * __Nakazato, T__., Bono, H., Matsuda, H., and Takagi, T., Gendoo: Functional profiling of gene and disease features using MeSH vocabulary, //Nucleic Acids Research//, **37**(Suppl. 2) (Web Server Issue):​W166-W169 2009.
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 +  * **キーワード解説**
 +    * [[http://​www.nlm.nih.gov/​mesh/​meshhome.html|MeSH (Medical Subject Headings)]]
 +      * MEDLINE/​PubMEDに登録されたジャーナルの索引付け、分類に用いられている生命科学用語のシソーラス。約2万6千語の見出し語(定義語)と約18万語のエントリーターム(同義語・類義語)、約20万語の補足用語(化合物の名称)から構成されている。
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次世代シーケンサーデータの活用と解析.txt · 最終更新: 2012/01/30 17:45 +0900 by kushidat