• 中村　春木　先生　（大阪大学 蛋白質研究所 教授）

• 藤原　敏道　先生　（大阪大学 蛋白質研究所 教授）

本研究開発では、国際協力によって蛋白質立体構造データバンク（PDB）の構築・運営を実施するとともに、NMRおよび電子顕微鏡やX線小角散乱による実験情報のデータベースを構築し公開する。さらに、オントロジーや新たなデータ書式、利用者インターフェースや二次的データベースおよび種々のサービスを開発して高度化を図り、人材育成も実施して、他の生命データベースとの統合化による高次生命機能の理解に資する。

• 「オントロジー」： mmCIF PDB exchange dictionary (PDBx)
• フォーマット： mmCIF フォーマット (STAR) および PDBML フォーマット(XML)

• 蛋白質立体構造情報のデータベースである Protein Data Bank (PDB) のデータを Linked Open Data として提供する。
• PDBx を OWLに翻訳したもの。http://pdbj.org/schema/pdbx-v40.owl
• PDBML を RDF に変換したもの。http://pdbj.org/rdf

• データが巨大すぎて効率よく更新、提供できない。

• PDBx, mmCIF, PDBML は wwPDB (http://www.wwpdb.org/) で標準化されている。http://www.wwpdb.org/docs.html#format
• PDBMLをRDFに変換した PDB/RDF も国際標準として認められたらしい（2011年 wwPDB Advisory Committee)。

• 国際蛋白質構造データベース http://www.wwpdb.org/