ユーザ用ツール

サイト用ツール


蛋白質構造データバンクの国際的な構築と統合化

差分

この文書の現在のバージョンと選択したバージョンの差分を表示します。

この比較画面にリンクする

蛋白質構造データバンクの国際的な構築と統合化 [2011/12/26 17:19 +0900] (現在)
ライン 1: ライン 1:
 +====== 蛋白質構造データバンクの国際的な構築と統合化 ======
 +===== 研究代表者 =====
 +  * 中村 春木 先生 (大阪大学 蛋白質研究所 教授)
 +
 +===== 共同研究代表者 =====
 +  * 藤原 敏道 先生 (大阪大学 蛋白質研究所 教授)
 +
 +===== 概要 =====
 +本研究開発では、国際協力によって蛋白質立体構造データバンク(PDB)の構築・運営を実施するとともに、NMRおよび電子顕微鏡やX線小角散乱による実験情報のデータベースを構築し公開する。さらに、オントロジーや新たなデータ書式、利用者インターフェースや二次的データベースおよび種々のサービスを開発して高度化を図り、人材育成も実施して、他の生命データベースとの統合化による高次生命機能の理解に資する。 ​
 +
 +
 +
 +----
 +----
 +===== 担当者編集項目 =====
 +
 +==== オントロジーおよびデータフォーマットの活用(実績、予定) ====
 +
 +=== ・このプログラムで活用している(する予定の)既存のオントロジーやデータフォーマット形式 ===
 +
 +  * 「オントロジー」: mmCIF PDB exchange dictionary (PDBx)
 +  * フォーマット: mmCIF フォーマット (STAR) および PDBML フォーマット(XML)
 +=== ・このプログラムで開発する(あるいは予定の)新規のオントロジーやデータフォーマット形式 ===
 +
 +  * 蛋白質立体構造情報のデータベースである Protein Data Bank (PDB) のデータを Linked Open Data として提供する。
 +  * PDBx を OWLに翻訳したもの。http://​pdbj.org/​schema/​pdbx-v40.owl
 +  * PDBML を RDF に変換したもの。http://​pdbj.org/​rdf
 +=== ・オントロジーやデータフォーマットに関して、困っている点 ===
 +
 +  * データが巨大すぎて効率よく更新、提供できない。
 +
 +
 +==== 国際標準化に関する情報 ====
 +
 +=== ・各分野で行われてる国際的なプロジェクトがある場合、そのプロジェクト名、URL ===
 +
 +  * PDBx, mmCIF, PDBML は wwPDB (http://​www.wwpdb.org/​) で標準化されている。http://​www.wwpdb.org/​docs.html#​format
 +  * PDBMLをRDFに変換した PDB/RDF も国際標準として認められたらしい(2011年 wwPDB Advisory Committee)。
 +
 +
 +=== ・各分野で、デファクトスタンダードとなっているデータベースや、オーソリティーが提供するデータベース ===
 +
 +  * 国際蛋白質構造データベース http://​www.wwpdb.org/ ​
 +
 +
  
蛋白質構造データバンクの国際的な構築と統合化.txt · 最終更新: 2011/12/26 17:19 +0900 (外部編集)