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chemble-rdf

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chemble-rdf [2012/11/15 18:49 +0900]
kushidat 作成
chemble-rdf [2012/11/15 19:10 +0900] (現在)
kushidat
ライン 65: ライン 65:
       OPTIONAL {?target <​http://​purl.org/​dc/​elements/​1.1/​title>​ ?title}       OPTIONAL {?target <​http://​purl.org/​dc/​elements/​1.1/​title>​ ?title}
       OPTIONAL {?target <​http://​www.w3.org/​2002/​07/​owl#​equivalentClass>​ ?​equivalentClassOfTarget}       OPTIONAL {?target <​http://​www.w3.org/​2002/​07/​owl#​equivalentClass>​ ?​equivalentClassOfTarget}
 +      OPTIONAL {?target <​http://​rdf.farmbio.uu.se/​chembl/​onto/#​organism>​ ?organism}
 +      OPTIONAL {?target <​http://​rdf.farmbio.uu.se/​chembl/​onto/#​hasTaxonomy>​ ?taxonomy}
 +      OPTIONAL {?target <​http://​rdf.farmbio.uu.se/​chembl/​onto/#​classL1>​ ?class1}
 +}
 +</​code>​
 +
 +
 +
 +
 +  * molecule(化合物)「CHEMBL1200462」(Doxepin)から、ターゲットタンパク質(生物種)を検索
 +
 +
 +<​code>​
 +SELECT DISTINCT *
 +WHERE
 +{
 +## moleculeの情報(CHEMBL******=>?​molecule)
 +?molecule <​http://​www.w3.org/​2002/​07/​owl#​equivalentClass>​ <​http://​linkedchemistry.info/​chembl/​chemblid/​CHEMBL1200462>​
 +      OPTIONAL {?molecule <​http://​www.w3.org/​2000/​01/​rdf-schema#​label>​ ?label}
 +      OPTIONAL {?molecule <​http://​www.blueobelisk.org/​chemistryblogs/​smiles>​ ?smiles}
 +      OPTIONAL {?molecule <​http://​www.blueobelisk.org/​chemistryblogs/​inchi>​ ?inchi}
 +      OPTIONAL {?molecule <​http://​www.blueobelisk.org/​chemistryblogs/​inchikey>​ ?inchikey}
 +
 +## Activityの情報(?​molecule=>?​activity=>?​assay)
 +?activity <​http://​rdf.farmbio.uu.se/​chembl/​onto/#​forMolecule>​ ?molecule
 +      OPTIONAL {?activity <​http://​rdf.farmbio.uu.se/​chembl/​onto/#​onAssay>​ ?assay}
 +      OPTIONAL {?activity <​http://​rdf.farmbio.uu.se/​chembl/​onto/#​type>​ ?​typeOfActivity}
 +
 +## Assayの情報(?​assay=>?​target)
 +?assay <​http://​www.w3.org/​1999/​02/​22-rdf-syntax-ns#​type>​ <​http://​rdf.farmbio.uu.se/​chembl/​onto/#​Assay>​
 +         ​OPTIONAL {?assay <​http://​www.w3.org/​2002/​07/​owl#​equivalentClass>​ ?​equivalentClassOfAssay}
 +         ​OPTIONAL {?assay <​http://​rdf.farmbio.uu.se/​chembl/​onto/#​hasDescription>​ ?​description}
 +         ​OPTIONAL {?assay <​http://​rdf.farmbio.uu.se/​chembl/​onto/#​hasTargetScore>​ ?​targetScore}
 +         ​OPTIONAL {?assay <​http://​rdf.farmbio.uu.se/​chembl/​onto/#​hasAssayType>​ ?assayType}
 +         ​OPTIONAL {?assay <​http://​rdf.farmbio.uu.se/​chembl/​onto/#​hasTarget>​ ?target}
 +
 +## Targetの情報(?​target=>​)
 +?target <​http://​www.w3.org/​2002/​07/​owl#​equivalentClass>​ ?​targetOfequivalentClass
 +      OPTIONAL {?target <​http://​www.w3.org/​2002/​07/​owl#​sameAs>​ ?sameAs}
 +      OPTIONAL {?target <​http://​purl.org/​dc/​elements/​1.1/​title>​ ?title}
       OPTIONAL {?target <​http://​rdf.farmbio.uu.se/​chembl/​onto/#​organism>​ ?organism}       OPTIONAL {?target <​http://​rdf.farmbio.uu.se/​chembl/​onto/#​organism>​ ?organism}
       OPTIONAL {?target <​http://​rdf.farmbio.uu.se/​chembl/​onto/#​hasTaxonomy>​ ?taxonomy}       OPTIONAL {?target <​http://​rdf.farmbio.uu.se/​chembl/​onto/#​hasTaxonomy>​ ?taxonomy}
chemble-rdf.txt · 最終更新: 2012/11/15 19:10 +0900 by kushidat