sras_survey_of_read_archives
SRAs: Survey of Read Archives
概 要
公共データベース (
SRA,
ENA,
DRA)に登録された「次世代シーケンサーデータ」の目次サイトです。
オリジナルの公共データベース(
SRA,
ENA,
DRA)では実現できていない、以下の検索機能を持っています。
登録された「次世代シーケンサーデータ」を、プロジェクトやプラットフォーム、生物種ごとに見ることができます。
論文として公開され、信頼性が確保された「次世代シーケンサーデータ」を検索することが可能です。
疾患との関連が示唆される「次世代シーケンサーデータ」の検索が可能です。
次世代シーケンサーのプロジェクト数の経時変化、プラットフォーム(シーケンサーの種類)、サンプルの生物種の統計情報を確認することができます。
今後の予定
将来、
SRAなどに登録されているデータと、自分の実験データを組み合わせて情報解析が可能になる予定です。
「次世代シーケンサーデータ」に関連付けられた疾患情報は、現在のところ論文から抽出された
MeSHに由来します。
MeSHは、疾患以外の生物学的概念を幅広く網羅しているため、各種化合物や解剖学的部位との関係が示唆される 「次世代シーケンサーデータ」を検索できることが期待されます。
関連研究・開発
参考文献・資料
Nakazato, T., Takinaka, T., Mizuguchi, H., Matsuda, H., Bono, H., and Asogawa, M., BioCompass: A novel functional inference tool that utilizes MeSH hierarchy to analyze groups of genes,
In Silico Biology,
8(1): 53-61, 2008.
PubMed Full Text
Nakazato, T., Bono, H., Matsuda, H., and Takagi, T., Gendoo: Functional profiling of gene and disease features using MeSH vocabulary,
Nucleic Acids Research,
37(Suppl. 2) (Web Server Issue):W166-W169 2009.
PubMed Full Text
sras_survey_of_read_archives.txt · 最終更新: 2012/01/31 11:26 +0900 by kushidat