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sras_survey_of_read_archives

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sras_survey_of_read_archives [2012/01/31 11:23 +0900]
kushidat
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kushidat
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     *  **[[http://​dbcls.rois.ac.jp/​~nakazato/​|仲里 猛留さん (DBCLS)]]**     *  **[[http://​dbcls.rois.ac.jp/​~nakazato/​|仲里 猛留さん (DBCLS)]]**
  
-  * **概  要** +  * **概  要**{{ :​sras.jpg?​direct&​300|}} 
-    * 公共データベース ([[http://​www.ncbi.nlm.nih.gov/​sra|SRA]],​ [[http://​www.ebi.ac.uk/​ena/​|ENA]],​ [[http://​trace.ddbj.nig.ac.jp/​dra/​index.shtml|DRA]])に登録された「次世代シーケンサーデータ」の目次サイトです。{{ :​sras.jpg?​direct&​300|}}+    * 公共データベース ([[http://​www.ncbi.nlm.nih.gov/​sra|SRA]],​ [[http://​www.ebi.ac.uk/​ena/​|ENA]],​ [[http://​trace.ddbj.nig.ac.jp/​dra/​index.shtml|DRA]])に登録された「次世代シーケンサーデータ」の目次サイトです。
     * オリジナルの公共データベース([[http://​www.ncbi.nlm.nih.gov/​sra|SRA]],​ [[http://​www.ebi.ac.uk/​ena/​|ENA]],​ [[http://​trace.ddbj.nig.ac.jp/​dra/​index.shtml|DRA]])では実現できていない、以下の検索機能を持っています。     * オリジナルの公共データベース([[http://​www.ncbi.nlm.nih.gov/​sra|SRA]],​ [[http://​www.ebi.ac.uk/​ena/​|ENA]],​ [[http://​trace.ddbj.nig.ac.jp/​dra/​index.shtml|DRA]])では実現できていない、以下の検索機能を持っています。
       * 登録された「次世代シーケンサーデータ」を、プロジェクトやプラットフォーム、生物種ごとに見ることができます。       * 登録された「次世代シーケンサーデータ」を、プロジェクトやプラットフォーム、生物種ごとに見ることができます。
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     * 「次世代シーケンサーデータ」に関連付けられた疾患情報は、現在のところ論文から抽出された[[http://​www.ncbi.nlm.nih.gov/​mesh|MeSH]]に由来します。[[http://​www.ncbi.nlm.nih.gov/​mesh|MeSH]]は、疾患以外の生物学的概念を幅広く網羅しているため、各種化合物や解剖学的部位との関係が示唆される 「次世代シーケンサーデータ」を検索できることが期待されます。     * 「次世代シーケンサーデータ」に関連付けられた疾患情報は、現在のところ論文から抽出された[[http://​www.ncbi.nlm.nih.gov/​mesh|MeSH]]に由来します。[[http://​www.ncbi.nlm.nih.gov/​mesh|MeSH]]は、疾患以外の生物学的概念を幅広く網羅しているため、各種化合物や解剖学的部位との関係が示唆される 「次世代シーケンサーデータ」を検索できることが期待されます。
  
-  *  **関連研究・開発**+  *  **関連研究・開発**{{ :​gendoo20120131b.png?​direct&​100|}}
     * 仲里さんは、**[[http://​sra.dbcls.jp/​|SRAs]]**以外にも、**[[http://​gendoo.dbcls.jp/​|Gendoo (Gene, Disease Features Ontology-based Overview System)]]**というシステムを開発、提供しています。 **[[http://​gendoo.dbcls.jp/​|Gendoo]]**は、関心のある遺伝子(遺伝子セット)や疾患を検索キーワードとして、[[http://​www.ncbi.nlm.nih.gov/​mesh|MeSH]]を利用して遺伝子、疾患、化合物、生命現象間の関係を統計量とともに提供するシステムで、DNAマイクロアレイを用いた遺伝子発現解析において、発現変動遺伝子群の機能解析などに利用されます。今後、**[[http://​sra.dbcls.jp/​|SRAs]]**と**[[http://​gendoo.dbcls.jp/​|Gendoo]]**を組み合わせて、次世代シーケンサーデータの解析に活用することも計画されているようです。     * 仲里さんは、**[[http://​sra.dbcls.jp/​|SRAs]]**以外にも、**[[http://​gendoo.dbcls.jp/​|Gendoo (Gene, Disease Features Ontology-based Overview System)]]**というシステムを開発、提供しています。 **[[http://​gendoo.dbcls.jp/​|Gendoo]]**は、関心のある遺伝子(遺伝子セット)や疾患を検索キーワードとして、[[http://​www.ncbi.nlm.nih.gov/​mesh|MeSH]]を利用して遺伝子、疾患、化合物、生命現象間の関係を統計量とともに提供するシステムで、DNAマイクロアレイを用いた遺伝子発現解析において、発現変動遺伝子群の機能解析などに利用されます。今後、**[[http://​sra.dbcls.jp/​|SRAs]]**と**[[http://​gendoo.dbcls.jp/​|Gendoo]]**を組み合わせて、次世代シーケンサーデータの解析に活用することも計画されているようです。
  
sras_survey_of_read_archives.txt · 最終更新: 2012/01/31 11:26 +0900 by kushidat