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NBDC実務者連絡会のページ

お知らせ

  • NBDC RDFポータル」の運用を開始しました。プレス発表
  • データベースRDF化ガイドライン」の作成を進めています。
  • ログインパスワードポリシーを強化することになりました。ログインユーザーの方は、お送りしたメールに従ってパスワードの確認、変更をお願いしています。ご協力お願い申し上げます。

ニュース

ミーティング予定

ありません。

イベント予定

SPARQLthonおよびその他の予定

  • 2016年 8月29日(月) 10:00 〜 30日(火) 18:00 SPARQLthon47

MotDB(←講習会、イベントの予定はこちらもご覧ください)

NBDC広報サイト(←講習会、イベントの予定はこちらもご覧ください)

TogoWiki(←講習会、イベントの予定はこちらもご覧ください)

趣旨

実務レベルの技術交流

  • オントロジー・フォーマットに関する意見交換や調整
  • APIやオントロジーなど開発された要素技術の共有

Mission

研究課題間の連携を強化し、円滑で効率的なデータベース間の統合化を実現することを目指す。

活動の場、内容

メンバー

統合化推進プログラム

省間連携(AIST, NIAS, NIBIOHN)

ライフサイエンス統合データベースセンター(DBCLS)

バイオサイエンスデータベースセンター(NBDC)

各グループの活動紹介

研究開発、技術のシェア

  • 各研究開発課題間の研究開発、技術の情報共有を実現する目的で、各課題の中から、皆さんの研究開発活動に役立ちそうな取り組みをご紹介します。
  • ここで紹介する研究開発について、「詳細な説明を聞きたい」、「ディスカッションをしたい」、また「論文など資料がほしい」などのご要望があれば、NBDCまでご相談ください。必要に応じて該当の研究開発担当者の方との打ち合わせをコーディネートします。
  • その他、皆さんの研究開発活動に役に立ちそうな研究開発、技術の情報がありましたら、お知らせください。自分の研究開発のアピールにもご活用ください。
  1. 次世代シーケンサーデータの活用と解析
  2. NBDCでの取りくみ

PURLサービス

  • purlは、Persistent Uniform Resource Identifier のことで、永続性を持ったURIという意味です。purlを採用することで、サーバーに移転などによるURIの喪失を防ぐことが期待されます。
  • このたびNBDCでは、purl.jpサーバーを立ち上げ、まずは、NBDCが進めるライフサイエンスデータベース統合推進事業に該当するプロジェクトに対して、PURLサービスを提供することになりました。
  • 今後は、広くバイオ分野のプロジェクトに、さらに他分野プロジェクトに対しても、purl.jpのサービスを提供していくことを検討しています。
  • purl.jpについてはそのHelpファイルを、ライフサイエンス分野におけるpurlの取り組みについてはこちらを、purlなど永続識別子についてはこちらをご参照ください。
  • purl.jp日本語マニュアル(2014年1月28日版)
  • 登録情報の修正、削除などが可能になりました。

日本化学物質辞書(日化辞)の活用

  • 日本化学物質辞書(日化辞)はJSTが作成した有機化合物およびその混合物を収録対象としたデータベースです。日本語名、英語名、法規制番号、CAS登録番号、構造情報などを収録しています。
    • 日本化学物質辞書(日化辞)の検索サービスです。インターネット上で無料一般公開します。事前登録は必要ありません。どなたでもご利用いただけます。名称検索、構造検索が可能です。
    • 現在の収録件数は、約310万件(2012.11現在)です。
  • 日化辞については、化合物オントロジー検討会議(2011年11月11日開催)などで、その利活用について検討をしてきました。
  • それを受けてこのたび、データベース研究開発者の皆様に、以下の点について日化辞の情報を利用できるように準備を進めています。
  1. 各機関の化合物DBから日化辞への一方向リンク
  2. 日化辞への新規化合物の登録(日化辞IDの付与)
  • 1.については、CAS登録番号などを含むリンクデータを各機関が作成し、そのデータをJSTに預けることで、CAS番号などをキーとして、JSTが日化辞IDを付与することを想定、検討しています。なお、双方向リンク(各機関←→日化辞)は、別の仕組みを使って実現することを検討しています。
  • 2.については、以下のルールで登録することを検討しています。
    • 水素を除く構成原子数247以内かつ日本語1500byte以内であれば、「構造明確体」として登録。
    • それを超えると「構造不確定体」として名称のみ登録。

Q & A(編集中)

技術のこと、その他何でも疑問、質問があれば記載してください。質問に対する回答、ご意見もお願いします。

Q. ライフサイエンスのオントロジーに、どのようなものがあるか知りたいのですが、どのように調べればよいですか?

A. OBO(The Open Biological and Biomedical Ontologies) BioPortal(The National Center for Biomedical Ontology)のサイトで、それぞれおよそ100, 300種類のオントロジーをブラウジング、検索することができます。

Q. OBOのサイトに収録されているオントロジーの中身を見てみたいのですが、どうすればいいですか?

A. 各概念を見るだけなら、テキストエディタでOBO formatのファイルを開けば確認できます。各概念間の階層関係を見たいときは、OBOを使えば見られます。OBOここからダウンロードできます。

リンク集

プロジェクトの遂行に役立つ、あるいは参考になるウェブページがあれば皆さんで編集してください。

資料

  • 講習会資料(BioPortal講習会など)
  • 論文(「Sagace: A web-based search engine for biomedical databases in Japan」、「WDDD: Worm Developmental Dynamics Database」を追加)
  • その他(「情報管理」、「JSTNews」、連載記事「我が国のデータベース構築・統合戦略」を追加)

議事録

start.txt · 最終更新: 2016/08/05 14:27 +0900 by kushidat