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ゲノム・メタゲノム情報を基盤とした微生物dbの統合

ゲノム・メタゲノム情報を基盤とした微生物DBの統合

研究代表者

  • 黒川 顕 先生 (東京工業大学 大学院生命理工学研究科 教授)

共同研究代表者

  • 中村 保一 先生 (国立遺伝学研究所 生命情報・DDBJ研究センター 教授)
  • 内山 郁夫 先生 (基礎生物学研究所 ゲノム情報研究室・情報管理解析室 助教)

概要

多様性を特徴とする微生物の様々な知識を、ゲノム情報を核として統合し、幅広い分野での微生物学の発展に資することのできる「微生物エンサイクロペディア」の構築を目標とする。国内外に散在する細菌の各種オミックス情報を広く収集し、遺伝子、ゲノム、環境の3つの軸に沿って遺伝子機能、分類学的情報、菌株保存情報、表現型情報などの知識を整理し、ゲノム情報を核として統合することを目指す。



担当者編集項目

オントロジーおよびデータフォーマットの活用(実績、予定)

・このプログラムで活用している(する予定の)既存のオントロジーやデータフォーマット形式

  • ゲノム関連

    GO、Sequence Ontologyなど

  • メタゲノム関連

    Environment Ontology (EnvO)

・このプログラムで開発する(あるいは予定の)新規のオントロジーやデータフォーマット形式

  • メタゲノムのメタデータについてのオントロジー

 メタゲノムのメタデータは微生物群集が生息する環境を記述したものであり、本DBにおける3つの軸の一つ、環境についての情報を担っているため非常に重要となります。しかしながら、メタゲノム解析のメタデータについては、MIMSやMIMARKSなどのガイドラインは一応存在しますが、あくまでMinimum Informationであるため、各研究者がそれぞれ重要と考えたメタデータを比較的自由に公共データベースに登録しているのが現状であり、既存のEnvOなどのオントロジーではそのほとんどをカバー出来ておりません。

 

注目技術

・データベースの統合化、高度な検索機能を実現するために活用している(する予定)、あるいは注目している技術

  • RDF、RDFDBとRDBとの連携、オントロジー、自然言語処理

国際標準化に関する情報

・各分野で行われてる国際的なプロジェクトがある場合、そのプロジェクト名、URL

メタゲノム関連

・各分野で、デファクトスタンダードとなっているデータベースや、オーソリティーが提供するデータベース

未だスタンダードと言えるものは存在しませんが、以下の2つはメタゲノム解析の分野では比較的主流です。

ゲノム・メタゲノム情報を基盤とした微生物dbの統合.txt · 最終更新: 2011/12/27 09:54 +0900 (外部編集)