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特許、論文のテキストマイニングにより次世代技術を発見(記事紹介)[new]

  • 米国防総省 情報高等究計画活動(IARPA)が推進するForesight and Understanding from Scientific Exposition Program(FUSE)に関する記事がネイチャー誌5月号に掲載されている。
  • FUSEは、世界中の学術論文や特許から科学技術の動向を自動的に発見することを目指すプログラムである。主要な先端技術を見つけ出すため、論文や特許全体をマイニングし、200万もの過去データの分析を行うことにより、テキスト中の新しいコラボレーションや表現等数百もの指標を特定した。
  • 数百万もの英語と中国語の科学文献をマイニングすることにより、トムソン・ロイター社が長年行ってきた影響力のある論文や研究者を特定する分析手法をさらに発展させる。2011年から4年を予定している当該プログラムは最終段階を迎え、今から3~5年後の成功を見つけ出す段階に入った。
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Open Policy Network設立-SPARC等が参加[new]

中国科学院、オープンアクセス方針を発表[new]

  • 中国科学院(The Chinese Academy of Science, CAS)は5月15日、公的助成研究成果論文へのオープンアクセスを促進するとの声明を発表した。
  • 本声明において、同院は研究者・大学院生は論文の査読済み最終稿を所属機関のオープンアクセスリポジトリへ収載(同論文の発行から12か月以内に)することを求めている。また過去に発行した論文についても同様にリポジトリへの収載を奨励している。新方針の一環として、同院は図書館および情報部に著作権法に沿った詳細なオープンアクセスガイドラインを作成する権限を与えている。
  • オープンアクセスは今月北京で開催が予定されている世界の助成機関のリーダーが一堂に会するGlobal Research Council (GRC)の第3回会合の主要テーマの一つで、中国国家自然科学基金委員会(National Natural Science Foundation of China, NSFC)も本会合において、同様のオープンアクセス方針の発表を予定している。
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Scientific Dataの日本語ページ、natureasia.comで公開[new]

「米国オープンデータ行動計画書」を公開[new]

  • 米国政府は5月9日、「米国オープンデータ行動計画書(pdf 21ページ)」を公開した。この計画書は、オバマ政権が2013年5月発行した指令「MAKING OPEN AND MACHINE READABLE THE NEW DEFAULT FOR GOVERNMENT INFORMATION」およびG8が2013年6月に発表した「オープンデータ憲章(小欄記事)」に沿って、強化策や新しいデータの公開など、2014-15年に計画しているプロジェクトの概要を説明するもの。
  • 計画されているプロジェクトには、以下が含まれる。
    • 四半期ごとに公開されている米国食品医薬局(Food and Drug Administration、FDA)薬物有害事象データの即時公開
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NLM、関連MeSHの特定が容易になる“MeSH on Demand”ツールを提供開始[new]

  • 米国国立医学図書館(NLM)は5月5日、入力したテキストから関連深いMeSHの用語を見つけられる新ツール“MeSH on Demand” の提供開始を発表した。
  • これまでMeSHの用語を見つけるにはMeSHの用語やMeSHブラウザに慣れていることが前提だったが、新ツールでは抄録やグラントサマリー等の文章(10,000字まで)を入力すると関連深いMeSHリストが表示されるため、MeSHに関する事前知識等なしに簡単に利用することができる。
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英国:助成研究データの可視化コンテスト受賞作品が決定[new]

  • 英国研究会議(RCUK)が助成した研究データを可視化するコンテスト“Visualising Research”の受賞作品が決定した。バイオテクノロジー・生物科学研究会議(Biotechnology and Biological Sciences Research Council、BBSRC)、英国芸術・人文リサーチカウンシル(Arts and Humanities Research Council, AHRC)、 および英国図書館が主催した当該コンテストは、RCUKが2013年12月に導入した公的助成研究情報ポータルサイトGateway to researchのデータを活用し、可視化技術を競うコンテストである。
  • プロフェッショナル部門からは、円の大きさや色によってテーマごとの助成配分を可視化したÜberResearchの作品、また一般部門からは'Feeding the Public Mind'と題する'Three Men and a Stato'の作品'の作品が受賞した。
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    • UK Research Council funding data comes to life in two new visualisations - British Library 2014/4/29

NLMとWellcome Trustが過去150年分の生物医学雑誌を無料でオンライン公開することに合意[new]

英国:「データ共有とキュレーションの価値と効果」(調査報告書)[new]

  • 英国JISCは、英国の3つの研究データセンターに関する報告書(PDF:26ページ)“The value and impact of data sharing and curation”(参考訳:データ共有とキュレーションの価値と効果)を公開した。
  • Economic and Social Data Service (ESDS)、Archaeology Data Service (ADS)、British Atmospheric Data Centre (BADC)におけるデータ収集の方法、分析手法、研究データの共有とキュレーションの価値と効果を評価し、提言を行っている。
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DataCite、DOI付与数3百万を突破[new]

ジャパンリンクセンター、DataCiteの会員に

  • DataCiteは3月25日ダブリンで開催された総会において、新たに4組織が会員となったと発表した。新会員は以下の通り。
    • エストニア タルトゥ大学(University of Tartu (UT) )
    • 南アフリカ環境観測ネットワーク(South African Environmental Observation Network (SAEON))
    • ジャパンリンクセンター(JaLC)
    • 欧州原子核研究機関(CERN)
  • これにより、DatCiteは15か国の22会員と8連携組織で構成される。
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DataCite、RDA組織会員に

研究データ共有指針を作れ(記事紹介)

  • Share alike“(参考訳:等分せよ、山分けせよ)と題する3月12日付Nature社説を紹介する。
  • 「やっと頂に達したと思いきや、本当の山頂はもっと上にあり、ガックリくる。登山者なら誰しも経験することだ。科学者も同様。研究論文をめでたく共有するも、頂上がある。データ公開だ。」
  • このような書き出しのこの社説は、データ共有を妨げる要因として公開データが無断利用される恐れがあることなどを挙げ、「研究界はデータ共有倫理を議論し、元データ提供者も論文の共著者として招くなどの etiquette(決まりごと、作法)を決めよ」と呼びかける。

英国政府、オープンデータ支援に150万ポンド投入

  • 英国内閣府は、データのオープン化に寄与する組織に対し、データオープン化資金として150万ポンド(2億5千万円相当)を授与すると発表した。
  • Open Data User Group(ODUG)が政府とオープンデータコミュニティーとの間を取り持ち、運営に当たる。まずは、公的部門における公的データのオープン化プロジェクトを対象に支援する。
  • さらに、公的データのオープン化を将来的に改善していくため、公務員を対象とした、オープンデータによる効率化、財政削減、イノベーション推進、経済効果の改善に関するトレーニングへの支援を行うとしている。
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Google、Google Genomicsを公開

  • Googleは、ゲノムデータのインポート、処理、保存、検索用のウェブベースのAPI”Google Genomics“を公開し、同時にGlobal Alliance for Genomics and Health(GA4GH)への加盟を発表した。GA4GHは、クラウド活用により、学術、医学界におけるゲノム、臨床情報の効果的な共有方法の開発を目指す、国際的取り組み。
  • 医学と基礎研究は転換期にある。Googleは、ゲノム解析と大規模なコンピューター技術の向上により、GA4GHとともにこの変革を推進するとしている。
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DataCite、「戦略2013-2016」を発表

NIH、高齢者78,000名超の遺伝子データを研究者に提供

PLOS、データ共有方針改訂へ

  • PLOSは、2014年3月3日から、論文の裏付けとなるすべてのデータを、論文公開後すぐに制限なく公開することとした新しいデータ共有方針を、PLOSに投稿するすべての論文に対し適用する。著者に対し、データセットをどこでどのように利用できるかを説明した”Data Availability Statement”の提出を要求し、当該説明書は論文冒頭で公開される。
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米国:CHORUS支援、100組織に

助成金は研究者経由で交付せよ – 助成機関は申請書の審査にムダな時間を割くな

  • Making Every Scientist a Research Funder” (参考訳:科学者を皆、研究資金提供者にする)と題するScienceの2月7日付記事を紹介する。
  • これは、「最有望な研究を助成するためにプロポーザルを審査するのが第2次大戦後の最適と見なされてきたが、国立科学財団(NSF)、国立衛生研究所(NIH)、欧州研究会議(ERC)など研究助成機関では審査に多大な時間を割くわりには受給件数は少ない。適任の研究者に包括的補助金を交付し、その一部(例えば半分)を彼らの目に適った研究者に配分させよ。これで助成金は適材適所に交付され、審査のムダを省くことができる」とした、米インディアナ大学・コンピュータ科学者Johan Bollen氏らの大胆な提言“From funding agencies to scientific agency“を紹介したもの。

研究データの共有と活用のために:研究データ同盟の分科会

エルゼビア、テキスト・マイニング方針を改訂

  • 2014年1月26日、フィラデルフィアで開催された2014 American Library Association Midwinter Meetingにおいて、エルゼビアはテキスト・マイニング方針の改定を正式に発表した。
  • この方針はScienceDirectの購読契約書に盛り込まれ、契約を締結した研究機関の研究者は、非商業的目的に限りテキスト・データ・マイニング(TDM)を行うことができる。CC BY-NCライセンスを適用し、出力は200文字まで、原文へのリンクを含むこととしている。
  • このような出版社の動きに対し、「テキスト・マイニングを権利化しようとしている、コンピューターによる閲読(computational reading)に許可は必要ない」と論じる研究者もいる。また英国政府は2014年4月をめどに、非商業目的のテキスト・マイニングを著作権法から除外するとし、欧州委員会(EC)は、科学的発見を阻害する計算科学における問題点を検討中で、2月末までに結論を出すとしている。
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NIH所長、バイオメディカル研究の再現性強化のための計画を語る

  • 最近の研究不正に見られるように、バイオメディカル研究ではその再現性を確保するための体制の立て直しが必要とされている。記事は、この問題に関する米国国立衛生研究所(NIH)所長Collins氏らのコメントを伝えている。
  • 再現性は根本的に臨床前実験における問題であり、その背景には、研究者の実験計画のトレーニング不足がある。NIHは現在、研究結果の再現性と透明性を高めるためのトレーニング基準を策定中で、2014年後半にNIH研究施設のポスドクを対象として義務化されているトレーニングに組み入れる予定である。
  • データの透明性を高める施策として、未公開の一時データに研究者がアクセスできるようにするため申請時にData Discovery Index(DDI)を要求し、DDIが高評価の申請には上限3年の賞金制度を2014年9月までに創設。2013年12月に導入されたPubMedCommonsをさらに改善する。
  • 申請プロセスの改善策として、より体系的に評価するためチェックリストを試験的に運用、査読プロセスの匿名化を検討している。
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富士通総合研究所、オープンデータへのリンク自動化技術を開発

科学データを取り扱うための10の簡単なルール

  • 10 Simple Rules for the Care and Feeding of Scientific Data“と題するPLOS Computational Biology用記事プレプリントがarXivに収載された。
  • これは、科学データとその解析結果が価値を保ち、認識し続けられるようにするための科学者向けガイド。巷にはデータ共有、データ由来、再現性などの緒問題に関する学術文献が数多くあるが、本稿はそのレビューではなく、データのケアとフィードの重要性とその実務についてふれたもの。
  • 10のルールのタイトル(和文は参考訳)
    • 1. Love your data, and help others love it too. (データに強い関心を抱け。他の人にもその手助けをせよ。)
    • 2. Share your data online, with a permanent identifier.(データをオンライン共有せよ。恒久的識別子付きで。)
    • 3. Conduct science with a particular level of reuse in mind.(一定レベルの再利用を念頭において研究を実施せよ。)
    • 4. Publish workflow as context.(ワークフローを背景として公表せよ。)
    • 5. Link your data to your publications as often as possible.(出版物にデータをリンクさせよ。なるべく頻繁に。)
    • 6. Publish your code (even the small bits).(コードを公表せよ。少しでもよい。)
    • 7. Say how you want to get credit.(典拠の表示を要求せよ。)
    • 8. Foster and use data repositories.(データリポジトリを培い、利用せよ。)
    • 9. Reward colleagues who share their data properly.(データを適切に共有した同僚を称えよ。)
    • 10: Be a booster for data science.(データサイエンスの推進者たれ。)
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COAR、Linked Open Dataを特集した “Repository Observatory” 第2版を発表

  • 国際オープンアクセスリポジトリ連合(COAR)はこのたび、研究・教育におけるリポジトリ有効利用の将来的なシナリオ検討や現在の動向把握を目的とする”Repository Observatory”の第2版を発表した。
  • Linked Open Dataを特集した本版はセマンティックウェブおよびLinked Dataのスペシャリスト、OCLC(Online Computer Library Center, Inc.)のRichard Wallis氏のインタビューやEconStor、ZBW(German National Library of Economics)等のリポジトリを紹介している。
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EMBL-EBI、特許化学構造式DB“SureChem”を無償公開 – Digital Science社からの譲渡で(2013年12月17日配信)

アルゼンチン、公的助成研究成果OA法を制定(2013年12月10日配信)

Creative Commonsに聞く(インタビュー記事紹介)(2013年12月10日配信)

米国:材料科学におけるデータ共有(論評紹介)(2013年12月3日配信)

  • 11月27日付けNatureに、材料科学者がいかにして情報を共有すべきかをテーマにした、5名の専門家による論評が掲載されている。
  • 2011年6月オバマ政権の立ち上げた米国マテリアル・ゲノム・イニシャチブ(MGI)は、情報共有の拠点として役割を担う、情報の共有と科学者の協力体制を構築するにはWin-win的方法が必要、科学者の技術的・人的な協力体制に基づくMGIでは不確実性に慣れることも必要、普遍的データフォーマットや集中型データベースは必ずしも必要ないなど、材料科学のデータ共有における課題を考察している。
    • マテリアル・ゲノム・イニシャチブ(MGI)の「ゲノム」はゲノムを実際に使用するわけではなく、喩として用いている。
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Creative Commons、version4.0に改訂(2013年12月3日配信)

CAS REGISTRY、7,500万件目の化学物質を登録(2013年12月3日配信)

API共有に伴う権利問題解決に取り組むAPI Commons(2013年12月3日配信)

英国の研究者、オープンアクセスのゲノムプロジェクトを立ち上げ(2013年12月3日配信)

日本のオープンデータ憲章アクションプラン(案)、公開(2013年12月3日配信)

JSTバイオサイエンスデータベースセンターにおけるデータベース統合への取り組みと医学分野での利活用の紹介(2013年5月1日配信)

富士通、世界初でLOD活用基盤を無償公開へ(2013年4月16日配信)

研究データ連盟、第1回本会議のプレゼン資料を公開(2013年4月16日配信)

  • 研究データ連盟(Research Data Alliance、RDA)は、発足時の第1回本会議でのプレゼンテーション資料を公開した。
  • 資料へのリンクはこのプログラムの中にある。

Protege 4.2 Release(2013年3月19日配信)

Google、検索の仕組みをインフォグラフィックスで紹介(2013年3月12日配信)

米国: バイオ関連DB、NLM助成打ち切りで危急存亡(2012年9月11日配信)

  • 存続が危ぶまれているデータベース。Protégé、Biological Magnetic Resonance Data Bank (BioMagResBank, or BMRB)、Repbase、REBASE、CASP
ニュースアーカイブ.txt · 最終更新: 2014/07/31 19:04 +0900 by kushidat