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メタボローム・データベースの開発

メタボローム・データベースの開発

研究代表者

  • 金谷 重彦 先生 (奈良先端科学技術大学院大学 情報科学研究科 計算システム生物学研究室 教授)

共同研究代表者

  • 櫻井 望 先生 (かずさディー・エヌ・エー研究所 産業基盤開発研究部 ゲノムバイテク研究室 研究員)
  • 有田 正規 先生 (理化学研究所 横浜研究所 植物科学研究センター ユニットリーダー)

概要

メタボロームはある生物種個体が生産する代謝物の全てである。生物種個体や組織のメタボローム化学分析データや個々の代謝物の生化学や生理・薬理活性などのデータをデータベース化することによって、生命活動の化学的基盤とゲノムからメタボロームに至るゲノム情報の流れを研究するための基礎データを提供する。またメタボロームに関する新たな知識を産み出す場として、低コストで持続可能なwiki型データベースのモデルを確立する。



担当者編集項目

オントロジーおよびデータフォーマットの活用(実績、予定)

・このプログラムで活用している(する予定の)既存のオントロジーやデータフォーマット形式

  • Mass spectrometry (PSI-MS)   (sakurai)
  • Chemical entities of biological interest (ChEBI) ※活用するかどうかは議論の余地有り (sakurai)

・このプログラムで開発する(あるいは予定の)新規のオントロジーやデータフォーマット形式

  • メタボロームデータとそのメタデータを記述し、プロジェクト内で共有できるフォーマットを作成中 (sakurai)
  • 検出代謝物の同定とアノテーション、およびそのエビデンスに関するオントロジーを、可能であれば整備したい (sakurai)

国際標準化に関する情報

・各分野で行われてる国際的なプロジェクトがある場合、そのプロジェクト名、URL

  • mzML質量分析データのフォーマット。プロテオーム用。(sakurai)
  • Metabolomics Standards Initiativeメタボロームデータの標準化を目指したワーキンググループだが、ほとんど進展していない (sakurai)
メタボローム・データベースの開発.txt · 最終更新: 2013/05/22 13:13 +0900 by ara