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実務者連絡会_オントロジーレベルの検討会議_議事録_2011年10月21日

実務者連絡会 オントロジーレベルの検討会議 議事録

  • 日時:2011年10月21日(金)15:00~17:15
  • 場所:ライフサイエンス統合データベースセンター 4階 413・415号室
  • 参加者:20名
研究開発プログラム 氏 名 所 属
ヒト脳疾患画像データベース統合化研究 八幡 憲明   東京大学   
三橋 信孝  科学技術振興機構   
メタボローム・データベースの開発    金谷 重彦     奈良先端科学技術大学院大学      
ゲノム・メタゲノム情報を基盤とした微生物DBの統合 菅原 秀明   国立遺伝学研究所  
森  宙史   東京工業大学   
藤澤 貴智    国立遺伝学研究所
生命と環境のフェノーム統合データベース 桝屋 啓志 理化学研究所  
糖鎖統合データベースと研究支援ツールの開発 鹿内 俊秀 産業技術総合研究所  
澤木 弘道
山田 一作 野口研究所  
加藤 雅樹 理化学研究所  
大規模ゲノム疫学研究の統合情報基盤の構築    川口 喬久     京都大学   
データベース統合に関わる基盤技術開発 山口 敦子 ライフサイエンス統合データベースセンター  
金 進東
河野 信
岡本 忍*
川島 秀一 東京大学
福井 一彦 産業技術総合研究所
  畠中 秀樹 バイオサイエンスデータベースセンター  
櫛田 達矢

*:実務者連絡会 担当者以外の出席者


議題1: オントロジーの作成方法の提案

  • 金先生(DBCLS)から、BioPortalを用いたデータ(ベース)統合のためのオントロジーの作成方法について、プレゼンテーションがなされた。
  • BioPortal(http://bioportal.bioontology.org/)は、The National Center for Biomedical Ontology (NCBO)が提供するオントロジーのレポジトリのポータルサイト。
  • BioPortalを用いたオントロジーの作成手順は、以下のとおりである。
    • (1)データベースの内容に近い論文を用意する。
    • (2)BioPortalの「Recommenderサービス」を用いて、用意した論文に対してマッチ度が高い既存オントロジーを見つける(ベースオントロジー集合の作成)
    • (3)ベースオントロジーから、不要な部分(枝)を刈り払う(シードオントロジーの作成)。
    • (4)シードオントロジーをBioPortalに登録する。
    • (5)シードオントロジーを出発点にして自分の目的に合わせて拡張して行く。
  • BioPortalを使用するメリット
    • 既存オントロジーとのマピッングを取るのが容易である。
    • 世界中の他のオントロジーもしくはデータベースとの連結を取るのが容易になる。
  • 現在のOntology Recommenderは、、”小規模のオントロジーが優先的に推薦される(上位にランキングされる)”設定になっている。
  • BioPortalの開発者バージョン(未公開)では、Ontology Recommenderでは、ノーマライゼーション、ヒエラルキーのオプション設定があり、よく参照されるオントロジーを上位にランキングする設定も可能になっている。

議題1に対するコメント、質疑応答

  • BioPortal内のオントロジー間の包含関係を知る方法はあるか?
    • =>現在はできない。
  • Ontology Recommenderの実行結果で、個々の語彙がどのオントロジーとマッチしているか示してくれると便利である。
    • =>Annotaterサービスはそのインターフェイスを提供している。
  • ビューオントロジーを作成するメリットは?
    • =>(1)オントロジーの目録を作ることができる。(2)検索効率の向上が期待される。
  • BioPortal上で、自動でオントロジーのマッピングをしてくれるのは役に立つが、マニュアルのマッピングも必要になるのではないか。
  • BioPortalで、オーソリティーのオントロジーを見つける方法があるとよい。

議題2: どこまで詳細なオントロジーを整備する必要があるか?

  • NBDCから、各研究開発課題におけるオントロジー整備について、以下のような発言があった。
    • オントロジーの整備の目標は、研究開発の進捗によって各研究開発課題で異なるものと認識している。
    • 研究開発計画書の中で、新規オントロジーの開発を予定していない研究開発グループがある。
    • プロジェクト期間中にオントロジー開発を行わないグループも、将来のデータベース統合、高度な検索機能、推論の実現に向けて、オントロジー整備の準備を進め、データベースを開発してほしい。

議題2に対するコメント、質疑応答

  • 上記NBDCの発言に対して、出席者から様々な意見が出された。
  • オントロジー開発をプロジェクトの必須条件とすべきでは?オントロジー開発を必須にしないと、開発しないグループが出てくる可能性がある。
    • =>(NBDC回答)各研究開発課題には、計画書どおりに開発を進めることを最優先してほしい。その次にオントロジーの整備を進めてほしい。
  • オントロジー開発、データベースのRDF化を、成果として正当に評価してほしい。そうでないとモチベーションが上がらない。
    • =>(NBDC回答)各グループの開発意欲をそがないように注意、努力したい。
  • 本当の意味で役に立つオントロジー開発する場合、どの程度のスキルを持った人材が必要で、どの程度の研究開発期間が必要か知りたい。
  • データを作成すれば、オントロジー整備やRDF化はNBDCが行うものと勘違いしていた。

今後の予定

  • 各研究開発課題は10月末までに、取り扱う予定もしくは、すでに取り扱っているオントロジーがあれば、情報共有サイトの所定の位置に記入する。
  • その結果を元に、NBDCは各研究開発課題に対して、個別に連絡を取り、今後の方針について議論する予定。
  • DBCLSが提案するBioPortalを使ったオントロジー開発に興味がある研究開発課題グループに対して、NBDCはDBCLSにその技術的な協力を求め、オントロジー開発についての支援、調整を行う。
実務者連絡会_オントロジーレベルの検討会議_議事録_2011年10月21日.txt · 最終更新: 2011/10/28 15:59 +0900 (外部編集)