• 日時：2011年11月11日（金）10:00～12:15
• 場所：公益財団法人野口研究所　会議室
• オーガナイザー：金谷先生、山田先生
• 参加者：13名

• 「（１）化合物オントロジーのニーズ、（２）化合物を取り扱う者にとって、このようなもの（オントロジー）があったら便利、を意識しながら議論を進めていきたい」
• 「現在、5万種類以上のデータを効率的にオントロジーに対応させる問題をかかえている。手動で行うのは現実的に不可能」
• 「フラボノイドについては、有田先生、時松先生と開発したフラボノイドデータベースがある」

• 「カルテからあがってくる多種多様なデータを整理する必要がある」
• 「化合物オントロジーについては、薬剤の整理の観点から興味がある」
• 「臨床医学のオントロジーとして、SNOMED（SNOMEDClinical Terms）を使っている」

• PCI DB(Protein-Compound Interaction Database)　の紹介。
• 蛋白質と相互作用する化合物、アッセイ結果等の情報が検索できる。
• データ件数： PubChem全件

• 「データベースのデータのマッピングにChEBIが利用できるか？」
• 「（１）硫酸基やリン酸基がどこについているか不明の化合物、（２）ポリマーなどをChEBIにマッピングすることは可能か？」
• 「ChEBIでオントロジーマッピングをする場合、構造の似ているものにマッピングすればよいか？」
• 「専門外の化合物があった場合、それがChEBIのツリー上のどこに対応しているか探すのは困難な作業になる」

• 「ChEBIは、いろいろなコミュニティーが使用することを想定して作られている」
• 記号なしリスト「ChEBIは低分子化合物に最適化されている」
• 「高分子化合物に対応するオントロジーは存在しない」

• 「自分の持っている化合物データを、ChEBIのグループに渡して、ChEBIに取り込んでもらい、IDをもらうことは可能ではないか。お互いのメリットなるのでは」

＝＞有田先生「ChEBIのグループとコネクションがあるので、上記が可能か問い合わせてみる」

• 「（マッピングにChEBIを用いる場合の）ChEBIの問題点は、（１）概念の不足、（２）過剰、（３）間違っている」

＝＞山田先生「間違ってるというよりも、用途の問題にあると思う」

• 「メタボロームの分野では、取り扱う化合物のほとんどが構造が不明」
• 「抽出方法、極性、揮発度の情報が重要」
• 「実験データ（化合物）のマッピングに使える分類体系が必要（ほかには存在しない）」

• 「Dictionary of Natural Products (DNP)structuresの大分類が使えそう。フラボノイド、アルカロイド、脂質、タンニンがそれに相当する。」
• 「糖脂質、糖鎖などは、DNPの大分類にはないため、新規に作る必要がある。」
• 「その他、不足する概念は、DNPの大分類に（2段階程度まで）サブカテゴリーをつくることで対応すればよい」
• 「合成化合物は、トップのレベルで分類するのが良いのでは」
• 「PubChemはDNPの大分類のような検索はできない」
• 「実験データ（化合物）をDNPの大分類でアノテーションすることができれば、成功と考える」
• 「DNPのカテゴリーにあって、ChEBIにない概念は、ChEBIに追加してもらうことを検討」

• （１）精密質量データ、分析手法、実験方法の標準化取り組む。
• （２）信頼度の指標を与える（例、Putative, Predicted, Identified）。
• （３）CAS番号やInChI (The IUPAC International Chemical Identifier)がついているものはそれを使う。
• （４）マシンリーダブルであれば、フォーマットは問わない。
• （５）RDFタグに記述するのは、DNPの大分類程度の語彙をもちいる。

• BioPortalを使う利点
  • （１）作業が楽
  • （２）世界のグループとデータ変換が可能になる

• 「BioPortalを使うとどれだけ作業が楽になるかイメージがわかない」

＝＞NBDC「BioPortalの講習会を近々開催したい」（12月上旬開催で調整中）

• 「オントロジーのサブセットを作る際、トリミング作業が難しい。自動でやる方法はないか？」

当面の化合物の取り扱いは以下のように進める。

• CAS、InChIなどを持つ既知の化合物はそれを用いてマッピングする。
• 一方、未知の化合物の場合、
  • （１）DNPのカテゴリーの拡張を行い、これを用いて化合物のマッピングを行う。
  • （２）ChEBIに対して、構造式などできるだけ詳細な情報を渡してその化合物を登録、分類してもらう。
  • （３）上記（２）について、ChEBIに対して、新規登録、分類にどの程度の時間がかかるかを確認する。
  • （４）ChEBI側との連絡、交渉は、有田先生に担当していただく。

• JSTの提供する「日本化学物質辞書（日化辞）」で、APIなどを利用したバッチ検索（大量データの一括検索）が可能かどうかNBDCは確認する。

＝＞その後、JSTで確認したところ、APIなどを利用したバッチ検索は、現時点で不可能であることを確認しました。また近い将来そのような機能を開発する予定はないとの回答がありました（2011年11月15日）。

• 化合物を取り扱う実務者のメーリングリストの開設をNBDCが準備する

＝＞メンバーは、[メーリングリスト]で確認してください（2011年11月16日）。