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実務者連絡会_準備的会合議事録_2011年9月28日

実務者連絡会 準備的会合

  • 日時:2011年9月28日(水)15:00~17:30
  • 場所:JSTサイエンスプラザ 1階会議室
  • 参加者:10名
研究開発プログラム 氏 名 所 属
ゲノム・メタゲノム情報を基盤とした微生物DBの統合 藤澤貴智 遺伝研  
生命と環境のフェノーム統合データベース 桝屋啓志 理研  
糖鎖統合データベースと研究支援ツールの開発 鹿内俊秀 産総研  
山田一作 野口研究所  
加藤雅樹 理研  
データベース統合に関わる基盤技術開発 山口敦子 DBCLS  
金 進東
河野 信
畠中秀樹 NBDC  
櫛田達矢
  • 議題
    • 議題1: 実務者連絡会の状況報告
    • 議題2: 実務者連絡会で取り上げる内容の検討
    • 議題3: 実務者連絡会の活動方針の確認
  • 概要
    • 議題1:
      • 11課題から合計33名の実務者連絡会の担当者が決まった(2011年9月28日現在)
      • 情報共有サイト(wg.biosciencedbc.jp)が立ち上がった
    • 議題2:
      • 第1回実務者連絡会(2011年10月5日開催予定)では、(1)担当者紹介、(2)情報共有サイトの紹介を行うほか、(3)各課題グループに対して、情報共有サイトの各課題グループのページを使って、開発中および予定のオントロジーについて、情報提供を要請することになった。
      • その後、上記によって収集されたオントロジーを調査し、各領域で活用できそうなオントロジーをリストアップする。
      • リストアップされたオントロジー、あるいはその一部、また改変、追加したものを各課題で再利用することを検討する。
      • 上記の作業では、BioPortalで提供されるツールの活用が有望である。
    • 議題3:
      • オントロジー、データファーマットおよび関連する技術に関する情報共有は、情報共有サイトを中心に行う。
      • 担当者全員が集まる会合(例、第1回実務者連絡会)は、年2,3回を予定する。
      • 各課題グループから議論したいテーマ(例、RDF、次世代シーケンサ)が提案された場合、それについて関心があるものが参加する会合、勉強会を開催することとする。そのときNBDCがコーディネイトを行う。
      • 上記の会合とは別に、各課題の進捗報告会についても、必要に応じて適宜開催することとする。
  • 話題提供
    • DBCLSの金さんから、データベースをRDF化する背景とモチベーションについて解説があり、そのためのオントロジーの活用、BioPortalを利用するメリットが紹介された。現在、BioPortalの活用方法の検討を行っていることが報告された。
    • 理研の桝屋さんから、理研でのセマンティックウェブ、オントロジーの活用事例が紹介された。
  • 議論での発言や質問
    • 既存のオントロジーを再利用する際、BioPortalに登録されているオントロジーはクオリティーコントロールがされていないため、注意が必要。
    • BioPortalを利用するメリットは、オントロジーの再利用が可能になる点である。
    • どの程度までのオントロジーを開発する必要があるか?
    • データベースで取り扱う概念のうち、詳細なインスタンスまで統合する必要があるか?
    • 独自のオントロジーを開発、利用する場合、その一方で、国際標準のオントロジーについても十分に考慮する必要がある。
    • 糖鎖に関しては、使えるオントロジーはほとんど存在しない。一部の既存のオントロジーの部分的な再利用、ChEBIの糖鎖以下のオントロジーを追加開発することを検討している。
    • 専門外の領域で、スタンダードとなっているオントロジーやデータベースがよくわからない。情報がほしい。
    • 微生物DBでは、動物や植物との共生など複雑な関係を統合化する必要がある。
    • URL(ドメイン)を今後どうするか?
実務者連絡会_準備的会合議事録_2011年9月28日.txt · 最終更新: 2011/09/29 19:44 +0900 (外部編集)