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生命と環境のフェノーム統合データベース

生命と環境のフェノーム統合データベース

研究代表者

  • 豊田 哲郎 先生 (理化学研究所 生命情報基盤研究部門 部門長)

共同研究代表者

  • 桝屋 啓志 先生 (理化学研究所 マウス表現型知識化研究開発ユニット ユニットリーダー)

概要

研究や教育の幅広い目的で国民が分かりやすく生物学の多様な計測データにアクセスできる基盤を提供する。生物学データの計測技術は日々進歩し複雑化かつ多様化しているため、生物の個体レベルの多様なデータ(フェノーム)を特定の生物種に限定せずに体系的に整理することで、専門外の人でも分かりやすく探し出せるようにする。これにより生物種の壁を越えて異分野の研究者が多様なデータを共有できる統合データベースを提供する。



担当者編集項目

オントロジーおよびデータフォーマットの活用(実績、予定)

・このプログラムで活用している(する予定の)既存のオントロジーやデータフォーマット形式

  • Phenotypic qualities (properties: PATO) 生物種横断的な表現型/性質の記述。解剖学概念や、プロセスと組み合わせて使う。環境にも使えそう。
  • Mammalian Phenotype (MP) マウス・ラットはじめ哺乳類の表現型。マウスではデファクト。
  • Mouse Adult Gross Anatomy (MA) マウスの解剖学的概念
  • Foundational Model of Anatomy Ontology (FMA) ヒトの解剖学的概念
  • Plant Ontology (Structure, Growth and Developmental Stage: PO) 主に植物の部位
  • Chemical Entities of Biological Interest (CHEBI): 分子
  • Gene Ontology (GO) 生物学プロセス、分子機能(というかプロセス)、細胞内の部位
  • Plant Environmental Conditions (EO): 植物の環境要
  • Web Ontology Language (OWL): LODの公開

 

注目技術

・データベースの統合化、高度な検索機能を実現するために活用している(する予定)、あるいは注目している技術

  • Linked Open Data (LOD)

国際標準化に関する情報

・各分野で行われてる国際的なプロジェクトがある場合、そのプロジェクト名、URL

・各分野で、デファクトスタンダードとなっているデータベースや、オーソリティーが提供するデータベース

生命と環境のフェノーム統合データベース.txt · 最終更新: 2011/12/27 10:11 +0900 (外部編集)