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第一回実務者連絡会議事録_2011年10月5日

第一回実務者連絡会

  • 日時:2011年10月5日(水)12:20~13:20
  • 場所:日本科学未来館 7F 会議室2
  • 参加者:39名
研究開発プログラム 氏 名 所 属
ヒト脳疾患画像データベース統合化研究 八幡 憲明   東京大学   
槇野  正  バイオテクノロジー開発技術研究組合   
鶴瀬 和彦  バイオテクノロジー開発技術研究組合   
三橋 信孝  科学技術振興機構   
メタボローム・データベースの開発    金谷 重彦     奈良先端科学技術大学院大学      
有田 正規     東京大学      
櫻井  望     かずさDNA研究所       
ゲノム情報に基づく疾患・医薬品・環境物質データの統合    米納 朋子     京都大学       
木下 広美    
ゲノム・メタゲノム情報を基盤とした微生物DBの統合 菅原 秀明   国立遺伝学研究所  
森  宙史   東京工業大学   
神沼 英里   国立遺伝学研究所  
藤澤 貴智   
内山 郁夫   基礎生物学研究所   
ゲノム情報に基づく植物データベースの統合 平川 英樹   かずさDNA研究所   
中谷 明弘   新潟大学   
ヒトゲノムバリエーションデータベースの開発    小池 麻子     日立製作所      
生命と環境のフェノーム統合データベース 土井 考爾 理化学研究所  
桝屋 啓志
脇 和規* 
蛋白質構造データバンクの国際的な構築と統合化    金城 玲     大阪大学      
糖鎖統合データベースと研究支援ツールの開発 成松 久* 産業技術総合研究所  
鹿内 俊秀
山田 一作 野口研究所  
加藤 雅樹 理化学研究所  
大規模ゲノム疫学研究の統合情報基盤の構築    川口 喬久     京都大学   
データベース統合に関わる基盤技術開発 山口 敦子 ライフサイエンス統合データベースセンター  
金 進東
河野 信
仲里 猛留
川本 祥子*
岡本 忍*
川島 秀一 東京大学
福井 一彦 産業技術総合研究所
  内田 信裕* バイオサイエンスデータベースセンター  
渡邊 篤*
奥原 啓輔*
畠中 秀樹
櫛田 達矢

*:実務者連絡会 担当者以外の出席者

  • 議題
    • 議題1: 情報共有サイトの紹介
    • 議題2: オントロジー、データフォーマット等調査の実施
    • 議題3: 実務者連絡会の活動方針、今後の予定
  • 概要
    • 議題1:
      • 担当者は編集権限を持つアカウントを持ち、必要に応じて、コンテンツの編集を行う。
      • 担当者を通じて、各研究開発課題のメンバーに、閲覧用アカウント(ユーザー名:guest、パスワード:nbdc2011)を知らせる。
      • 情報共有サイト(http://wg.biosciencedbc.jp/)は、近い将来、ログインなしで閲覧可能にする予定である。情報共有サイトへの記述は、このことを十分に考慮して行うものとする。
    • 議題2:
      • データ統合、高度な検索、知識発見の実現に向けて、データベースで用いる概念(遺伝子、タンパク質、化合物、疾患名、分子機能、生物学的事象、表現型、実験手法、培地条件、外的環境、生物種など)は、オントロジー等を用いてアノテーションするものとする。
      • 各研究開発課題は、開発するデータベースの概念を整理し、上記の概念が参照するのに適当なオントロジーを調査する。
      • 2011年10月中を期限に、調査結果を情報共有サイトの各研究開発課題のページに記述する。
      • 参照するのに適当なオントロジーがすでに存在している場合は、それを利用(一部利用、一部改変して利用)する。
      • 参照するのに適当なオントロジーが存在しない場合、新規にオントロジーを構築する必要がある。
      • オントロジーの調査結果は、研究開発課題間で情報を共有、利用するものとする。
      • 上記オントロジーの調査、開発に関係して個別の打ち合わせが必要な場合は、NBDCに連絡する。
    • 議題3:
      • 担当者が全員が顔を合わせる全体会議は、年に2~3回程度になる予定である。
      • 通常、オントロジー、データフォーマット、関連技術に関する意見交換、情報の共有は、情報共有サイトを通して行うこととする。
      • RDF、次世代シーケンサーデータの取り扱いなど、特に議論が必要な必要なテーマについては、それに関心があるものを対象とした会議、勉強会、セミナーを開催するものとする。
      • 実務者連絡会で議論したい題材がある場合は、NBDCに対して提案し、NBDCはその実現に向け調整をおこなう。
  • 議論での発言や質問
    • オントロジー開発のガイドラインを示してほしい。
    • データベースで取り扱う概念(レコード)が数万件に昇る。これら個々すべてに対してオントロジーを対応させる必要があるか。
    • 化学物質を対象としたオントロジーの調査、検討を行う会合の開催を希望する。
第一回実務者連絡会議事録_2011年10月5日.txt · 最終更新: 2011/10/11 16:10 +0900 (外部編集)