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蛋白質構造データバンクの国際的な構築と統合化

蛋白質構造データバンクの国際的な構築と統合化

研究代表者

  • 中村 春木 先生 (大阪大学 蛋白質研究所 教授)

共同研究代表者

  • 藤原 敏道 先生 (大阪大学 蛋白質研究所 教授)

概要

本研究開発では、国際協力によって蛋白質立体構造データバンク(PDB)の構築・運営を実施するとともに、NMRおよび電子顕微鏡やX線小角散乱による実験情報のデータベースを構築し公開する。さらに、オントロジーや新たなデータ書式、利用者インターフェースや二次的データベースおよび種々のサービスを開発して高度化を図り、人材育成も実施して、他の生命データベースとの統合化による高次生命機能の理解に資する。



担当者編集項目

オントロジーおよびデータフォーマットの活用(実績、予定)

・このプログラムで活用している(する予定の)既存のオントロジーやデータフォーマット形式

  • 「オントロジー」: mmCIF PDB exchange dictionary (PDBx)
  • フォーマット: mmCIF フォーマット (STAR) および PDBML フォーマット(XML)

・このプログラムで開発する(あるいは予定の)新規のオントロジーやデータフォーマット形式

  • 蛋白質立体構造情報のデータベースである Protein Data Bank (PDB) のデータを Linked Open Data として提供する。
  • PDBx を OWLに翻訳したもの。http://pdbj.org/schema/pdbx-v40.owl
  • PDBML を RDF に変換したもの。http://pdbj.org/rdf

・オントロジーやデータフォーマットに関して、困っている点

  • データが巨大すぎて効率よく更新、提供できない。

国際標準化に関する情報

・各分野で行われてる国際的なプロジェクトがある場合、そのプロジェクト名、URL

・各分野で、デファクトスタンダードとなっているデータベースや、オーソリティーが提供するデータベース

蛋白質構造データバンクの国際的な構築と統合化.txt · 最終更新: 2011/12/26 17:19 +0900 (外部編集)