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SRAs: Survey of Read Archives

  • 概 要
    • 公共データベース (SRA, ENA, DRA)に登録された「次世代シーケンサーデータ」の目次サイトです。
    • オリジナルの公共データベース(SRA, ENA, DRA)では実現できていない、以下の検索機能を持っています。
      • 登録された「次世代シーケンサーデータ」を、プロジェクトやプラットフォーム、生物種ごとに見ることができます。
      • 論文として公開され、信頼性が確保された「次世代シーケンサーデータ」を検索することが可能です。
      • 疾患との関連が示唆される「次世代シーケンサーデータ」の検索が可能です。
      • 次世代シーケンサーのプロジェクト数の経時変化、プラットフォーム(シーケンサーの種類)、サンプルの生物種の統計情報を確認することができます。
  • 今後の予定
    • 将来、SRAなどに登録されているデータと、自分の実験データを組み合わせて情報解析が可能になる予定です。
    • 「次世代シーケンサーデータ」に関連付けられた疾患情報は、現在のところ論文から抽出されたMeSHに由来します。MeSHは、疾患以外の生物学的概念を幅広く網羅しているため、各種化合物や解剖学的部位との関係が示唆される 「次世代シーケンサーデータ」を検索できることが期待されます。
  • 関連研究・開発
    • 仲里さんは、SRAs以外にも、Gendoo (Gene, Disease Features Ontology-based Overview System)というシステムを開発、提供しています。 Gendooは、関心のある遺伝子(遺伝子セット)や疾患を検索キーワードとして、MeSHを利用して遺伝子、疾患、化合物、生命現象間の関係を統計量とともに提供するシステムで、DNAマイクロアレイを用いた遺伝子発現解析において、発現変動遺伝子群の機能解析などに利用されます。今後、SRAsGendooを組み合わせて、次世代シーケンサーデータの解析に活用することも計画されているようです。
  • 参考文献・資料
    • Nakazato, T., Takinaka, T., Mizuguchi, H., Matsuda, H., Bono, H., and Asogawa, M., BioCompass: A novel functional inference tool that utilizes MeSH hierarchy to analyze groups of genes, In Silico Biology, 8(1): 53-61, 2008. PubMed Full Text
    • Nakazato, T., Bono, H., Matsuda, H., and Takagi, T., Gendoo: Functional profiling of gene and disease features using MeSH vocabulary, Nucleic Acids Research, 37(Suppl. 2) (Web Server Issue):W166-W169 2009. PubMed Full Text
  • キーワード解説
      • MEDLINE/PubMEDに登録されたジャーナルの索引付け、分類に用いられている生命科学用語のシソーラス。約2万6千語の見出し語(定義語)と約18万語のエントリーターム(同義語・類義語)、約20万語の補足用語(化合物の名称)から構成されている。
sras_survey_of_read_archives.txt · 最終更新: 2012/01/31 11:26 +0900 by kushidat